曹志清所谓三层功夫，就是道家内丹术中的三步练法，是形意拳内功法的根本法则。形意拳之所以又称为气功拳（或内功拳），也正是由此而来的。
第一层功夫，谓之炼精化气，也就是小周天循环法，在形意拳中，谓之两仪；第二层功夫，谓之炼气化神，也就是大周天循环法，在形意拳中，叫做三体势（或三才势）；第三层功夫，谓之化神还虚，在形意拳中也就是有规但不必再专循于规，有意而不必再专着于意，进入了随心所欲、得心应手的“拳无拳、意无意，无意之中是真意“的高级阶段。
现将三层功夫的练法、要求、注意事项介绍如下。
（一）炼精化气这步功夫在道家来讲，是分为六个步骤来进行锻炼的。
第一步谓之“炼己“。这是道家金丹术中最基本的功法，同时也是最根本的功法。炼己，就是要摆好姿势，放松身体各部位，排除杂念，使思想保持安静，让大脑皮层得以充分地静养和休息，这步功夫实际上就是锻炼在意识控制下的“入静“。因为这步功夫是道家必须首先求练的，所以说炼己是最基本的功夫。如果这步功夫不能真正做到排除杂念、全身放松、思想安静，而是心猿意马、浑身拘束、杂念纷飞，那么以后的各步功夫均难以求得，因此说炼己又是最根本的功夫。
第二步为“调药“。具体的要求就是一念归中，意守丹田，使呼吸调息入细、引短为长、易促为匀、易浅入深，为的是将口鼻吸入的天空大气，能够深深地归纳于下丹田之中，与人体中的水谷精气充分地混合，并发生化合作用，从而产生出真气来。所说的“药“，就是精、气，因为精、气是人体健康的重要物质基础，精气充则身强体健，精气通则可除治疾病，所以称之为药。
第三步是“产药“。通过上述两步功夫的持久锻炼之后，就会逐渐地在丹田中产生一种热的感觉。这种热感在开始时，总是若有若无，似有似无，而且是有热感时少，无热感时多。对于这种现象，学者不必着急，只要继续坚持正确的练功方法，随着练功的不断深入，热感也就会随之愈来愈明显，最后即会产生一种滚动和下行之感，这就是“药“（真气）产生的结果。
第四步是“采药“。就是说在真气产生、充盈的情况下，下丹田中一旦有了热感的时候，就要含气从脉，用意念的导引，将热感引入任脉，沿毛际下行直至会阴，当这股热感之气经会阴通过谷道（即肛门）时，多有欲出虚恭（放屁）的感觉，这时为了不使真气通过出虚恭而漏掉，就必须在每当真气通过谷道（道家术语中叫做“下鹊桥“）时，将谷道微微向内提吸，使热气能够顺利通过下鹊桥，由任脉之终而接入督脉之始，并使这种热感之气继续沿督脉上行过夹脊（辘轳关）、通玉枕（铁壁关）而达于脑宫精髓之海。引气上行督脉（谓之通三关）并不是一件容易的事，为了迫使热感之气能够沿督上行，必要时就需要加强意念的导引和运用武火的方法，这在道家术语中谓之“火逼金行“。
呼吸之法，分为“文火“与“武火“两种。《大成捷要》中云：“入手功夫，每当半夜子时以后，虚极静笃，天然醒觉，一阳来时，外肾兴起之时，元精吐露，外药发生之际，即当行调药之功，运动风吹火炼之玄机。夫风者呼吸之气，火者虚灵之神，文者无为之风火，武者有为之风火。盖无为之文风文火，用在调外药前后两头，而有为之武风武火，用在调外药元精正旺之时也。盖真气动时最易下流顺出，必用真意眸光，凝入命宫气穴之中，主照统摄，真气即下行，而化为元精，非呼吸之息，以风助火，以火销金，而元精必不能复化为元气，归宿坤炉本宫之中矣。然用呼吸之息，在丹田之中，一出一入，必须提起精神，目光窥定，一意不散，万缘皆空，鼓动巽风，扇开炉焰，使息息皈根，方合猛烹急炼之神功。……借呼吸之机，以为采取烹炼之旨也“。这就明确地告诉我们，文火即是无为之风火，不可加强意念的作用，而是要在开始和最后这两头微微以意眸之，呼吸须持细、长、匀、慢，故称为文风文火，又叫沐浴。武火与文火相反，乃是有为之风火，也就是当外药归炉勃阳尽缩之时，须鼓动巽风（呼吸），扇开炉焰，加强意念的作用，并采取吸、舐、撮、闭四字，即鼻中吸气以接先天，舌舐上腭以迎甘露，紧撮谷道内中上提，闭目上机回光返照。就好象是壶在炉上，加风添火，使水变为蒸气一般。但武火只是用于烹炼之时，烹炼之后，仍须以文火沐浴温养。
第五步谓之“封炉“。《大成捷要》中云：药既皈炉，须用真意封固（封固者，闭塞耳、目、口三关），停息以伏神气（停息者，非闭息也，是不行采药鼓嘘之法），将神气随呼入，俱伏于气穴，略停一息之倾，盘旋于丹田之上，然后再用意率领元气自坤腹逆上乾顶。所以于封炉之中，仍要继续用紧撮谷道（也谓身根不漏）、鼻吸莫呼（也谓鼻根不漏）、舌舐上腭（也谓舌根不漏）目不外视（谓眼根不漏）四法，要使一念不生，一意不散，六欲不起，六尘不染，命根方能固矣。
第六步谓之“炼药“。就是呼吸并用，升则有心，降则有意