在发展战略上我行我素，在人事管理上，周鸿祎也按照自己的意图进行了大刀阔斧的改革。比如，周鸿祎对于不支持自己的雅虎中国财务、人事、法律的高层主管十分不满，直接要求雅虎总部撤换，杨致远同意了。他还实施了“奋进、向前奔跑、快速行动”的创业文化来清洗雅虎中国固有的跨国公司式官僚气息。“不认同理念不如趁早离开！”更适合这种企业文化的显然是3721的员工。因此有人说不是雅虎中国收购了3721，而是近200人的3721接收了50人左右的雅虎中国。
2004年，在周鸿祎的带领下，雅虎中国扭亏为盈，营业收入为4000万美元，利润达到了1000万美元，圆满完成了第一年的赢利任务。周鸿祎的努力令行业人士重新审视雅虎这个络巨头在中国的影响，用周的话说就是“别把村长不当干部”！由于雅虎中国在2004年的业绩达到了要求，周鸿祎的“野蛮做法”得到了雅虎总部的支持。
2005年，周鸿祎和雅虎总部之间开始出现种种利益分歧。
杨致远对雅虎中国在2005年提出了更高的要求，即搜索要超过百度成为市场第一，而邮箱的用户也要得到大规模增长。但2004年底，周鸿祎发现雅虎2005财年的预算对中国市场并没有什么资金投入，这意味着完成业务新的增长必须用雅虎中国自身赢利来做支撑，周鸿祎强烈要求雅虎总部大幅度增加投资预算。
周鸿祎对雅虎总部的不舍得投入早有怨言：“我们进入雅虎之后就成了他的雇员，进入了官僚体系，往上有十几层，我这就是基层，根本没办法跟他平等对话，更不用谈什么战略。我的任务就是每个季度完成他给的指标，一搜、1G邮箱全是我们自发做的，出于创业者的热情，先斩后奏。人员上从200多人发展到600多人，用的全是3721的资源。”
但周鸿祎不愿在2005年还是靠自己投入资金做事，周开始和雅虎进行了一系列的谈判。周鸿祎提了两个方案：收购金额不变，长线的邮箱和搜索业务再拨一笔额外的费用；或者双方都退一步，协议提前结束，最后支付的金额不按照当初设定的利润收入目标来确定，而是直接确定一个比原定收购价格低的金额。雅虎总部也给周鸿祎提了一个方案，请周鸿祎和他的团队留下，以收购金额原价为标准支付周鸿祎所属股权应得，但周不要干预雅虎收购其他股东股权的应付款。
双方都无法同意对方的方案，激烈的谈判一直持续了5个月。据一位当时的雅虎中国员工回忆，一次周鸿祎在越洋电话里同总部吵得很凶，挂了电话后，扔东西将自己办公室的玻璃砸得粉碎。这种争吵使得周鸿祎不再像2004年那样全身心投入公司的经营，雅虎中国的业务受到了极大的影响。管理团队和员工也都无心做事，2005年上半年，雅虎中国的业务几乎停滞。
最终，作出退让的是雅虎，雅虎董事会还是认同需要将长远发展作为雅虎中国的发展目标，并在12亿美元的基础上再拨款500万美元用作投资。但500万美元对雅虎想要达到的目标来说远远不够，业内人士称：“现在络界的收购都是千万美元级别，雅虎的钱不能买下任何公司，只能自己发展，而靠自己积累的速度显然太慢了。”2005年的中国络市场竞争已经非常激烈，新浪、搜狐和易等门户站已经在络增值业务中赚得盆满钵满，盛大公司也是财力雄厚，雅虎区区500万美元新投资是掀不起什么大波浪的。
2005年8月，周鸿祎离开雅虎中国，收购协议提前结束，雅虎前后共支付给3721股东9000万美元，3721归属雅虎中国。
阿里巴巴时代：定位难题
雅虎在中国的接连失败令杨致远放弃了单干或者收购的办法。他采取了最彻底的办法，完全把雅虎中国交给别人打理，他最终确定的人选是马云。
此次阿里巴巴收购包括雅虎中国的门户站、一搜、即时通讯、3721络实名业务和雅虎在一拍上的所有资产，同时得到雅虎10亿美元投资和雅虎品牌在中国无限期使用权，雅虎中国成了阿里巴巴的一个子公司。与此同时，雅虎在阿里巴巴持股40%，拥有35%的投票权，董事会一共四个席位，马云和阿里巴巴的CFO共占两席，雅虎一席，软银一席，马云仍保持自己对阿里巴巴的控制。
面对自己旗下的7个公司，马云描绘说，老大是阿里巴巴。当初为了防止eBay进入老大的B2B领域来抢地盘，就搞了老二“淘宝”；为了解决支付手段和市场诚信，就做了老三“支付宝”；后来发现老大要巩固自己在电子商务领域的优势地位，还需要一个得力帮手，就找了雅虎中国做搜索。在马云心中，阿里巴巴是主角，雅虎中国是配角。
2005年，马云说：“阿里巴巴在搜索领域既有决心更有信心，从今天起，在中国，雅虎就是搜索，搜索就是雅虎。”阿里巴巴首席技术官吴炯表示：“我们已将2000余台服务器从美国搬至国内，在美国，还成立了由30多位顶尖华人科学家组建的搜索技术研发团队，专门支持中国