案件来源及企业基本情况
庆阳市国税局稽查局经人工选案，于2002年8月对某铁合金有限责任公司2001年度纳税情况进行日常检查。
该公司主要经营硅铁冶炼、供电器材修造、水暖器材批发、零售，为增值税一般纳税人。2001年度实现销售收入7，124，612．30元，销项税额1，211，184．10元，进项税额661，081．59元，全年缴纳增值税550，102．51元。
税务稽鲞过程及方法
针对该公司产品比较单一、业务量较小的特点，稽查人员采取全查和详查相结合的方法，从会计报表、账簿、凭证等相关资料人手，严格审核该公司内部生产和物流的运转及会计核算过程，并把重点放在原材料购进和耗用的核对上。该公司原材料购进一般同时取得货运发票，稽查人员决定逐份核对货运发票和原材料购进发票，看有无购进的原材料发票上注明的数量与货运发票上注明的运输数量不符等情况。
经进一步核查发现，该公司2001年取得品名为蓝碳的两份货运发票没有同等数量的原材料购货发票，且货运发票上的吨公里运价高出平均运价220多元。货运票面金额182，118．40元，该公司以货运发票票面金额的7％抵扣进项税额12，748．29元。稽查人员要求该公司财务人员提供这两份货运发票相应的原材料购货发票，而财务人员以这两份运输发票均属以前购进而现在才取得为由，拒绝提供。于是稽查人员对该公司一年来购进的蓝碳进行了详查，发现其他购进蓝碳的发票均附有相应的运费货票，而这两份只有货运发票而无相应的购货发票。经与其他购货发票对比发现，这两份货运发票的运输单价竞与其他购进发票的货物单价加运输单价之和基本一致。经询问得知，这两份货运发票就是该公司购进蓝碳时销售方（系个体户或其他商贩）不能开具增值税专用发票，而提供了货物和运费混开的运输发票，企业据此抵扣进项税12，748．29元。
稽查人员在对该公司2001年度的购销合同进行核对时发现，该公司于2001年12月6日，与甘肃某电力有限公司签订合同，以国标72#硅铁60吨（合同售价225，000．00元），抵顶欠甘肃某电力有限公司电费225，000．00元，交货期限为2001年12月25日。由于该公司产品均为国标75#硅铁，这些顶账硅铁又从何而来？带着这个疑问，稽查人员又进一步检查了该公司的购进材料和库存。该公司2001年12月21日从天水某铁合金厂购进国标72#硅铁60吨，不含税购进价183，076．92元，已抵扣进项税额31，123．08元，财务上已做了材料入库的账务处理，但在检查保管账务时并没有发现该项货物购进的入库记录。于是，稽查人员又询问了该公司领导、保管及财务人员，他们在各种证据面前，承认当时确实从天水某铁合金厂购进硅铁60吨，协议作价直接抵顶了所欠甘肃某电力有限公司225，000．00元的电费。
违法事实
经检查核实：
1．该公司购进原材料（蓝碳）取得货款和运费开具在一起的货物运输发票，并按货物运输发票票面金额182，118．40元的7％抵扣了进项税，多抵扣进项税额12，748．29元。
2．该公司购进的国标72#硅铁60吨，协议作价抵顶所欠甘肃某电力有限公司电费225，000．00元，未计提增值税销项税额32，692．31元。
处理处罚依据及结果
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条“纳税人购进货物或者应税劳务，未按照规定取得并保存增值税扣税凭证，或者增值税扣税凭证上未按照规定注明增值税额及其他有关事项的，其进项税额不得从销项税额中抵扣”和《增值税问题解答》（国税函【1995】228号）“准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费”及《关于运输费用和废旧物资准予抵扣进项税额问题的通知》（财税发【1994】12号）“凡一般纳税人取得的运费结算单据及附列资料上不能单独反应运费金额的，不予计算抵扣进项税额”之规定，该公司购进原材料（蓝碳）取得货款和运费开具在一起的货物运输发票所抵扣的进项税12，748．29元应作进项税金转出，补缴增值税12，748．29元。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条“在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人”和第二条“（一）纳税人销售或者进口货物，除本条第（二）项、第（三）项规定外，税率为17％”及第五条“纳税人销售货物或者应税劳务，按照销售额和本条例第二条规定的税率计算并向购买方收取的增值税额，为销项税额。销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率”以及《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第三条