与IBM公司的合作项目完成后，比尔·盖茨最担心是IBM公司一时心血来潮，放弃这个项目。虽然微软公司可由此获得一些违约金，但合同规定的违约金与微软为此付出的人力物力相比，是完全不相称的。
比尔·盖茨还有一个担心，那就是86—DOS的所有权问题。根据微软公司与西雅图电脑公司的协议，86—DOS的所有权仍属西雅图电脑公司所有。它可以向其他公司自由转让，这其中隐含着许多意想不到的竞争。
比尔·盖茨担心IBM公司毁约不是没有道理，因为在项目完成之前，就已发生纠缠不清的“泄密事件”，而IBM公司对保密极为重视，曾一再强调这个问题，并采取了严密的防范措施，但问题还是不断发生。
有一天，IBM的保安人员发现，自己公司的样机部件竟被放在锁着的工作室外边；IBM的硬件专家埃杰布莱奇特还怀疑比尔·盖茨曾将样机带回家。其实，微软公司的人基本上都知道所谓“秘密机器”的事，对外部，保密似乎可以做到，但在内部，很难绝对禁止。为此，IBM指责微软公司已明显违反了保密协议。
对于IBM公司的指责，鲍尔默特意写信做了申辩，他还写了另一封信，想卖给IBM更多的软件，如打字指南、时间管理者、奥林匹克十项全能运动等。
IBM公司的机器做出来后，取名IBM个人电脑，简称IBM-PC，但保密制度还没有取消。微软公司的人却越来越松懈，PC机的消息开始不断向外界泄露。
1981年5月，比尔·盖茨给IBM公司写信，说明了他对这个项目的热衷，并提出两点请求：一是机器正式展出时，IBM公司邀请他和保罗·艾伦参加；二是要求知道这种电脑的集团购买价。
他的两项建议立遭拒绝，使他感到很没面子。
PC机的消息泄露得越来越快，比尔·盖茨和鲍尔默紧张起来，害怕IBM公司的追究。
到6月初，在两个刊物上出现厂精确地描述和评论这种电脑的文章，同时还说它的磁盘操作系统是由微软公司开发的，与CP／M相似，名字叫PC—DOS。这些杂志说的一点也不错，IBM确实已将86—DOS重新命名为。PC—DOS。
这一消息见报后，引起了许多人对这个操作系统的兴趣。日本客户首先与微软公司联系，申请对PC—DOS的许可。
敏感的比尔·盖茨立即意识到，这个一流的小操作系统不仅是销售软件的辅助工具，可能还能独自换钱，而且赢利前景十分广阔。为此，他决心获得86—DOS所有权。
在比尔·盖茨采取行动之前，又出现了一个小小的波折：痛失IBM公司交易的基尔代尔教授和他的律师格里·戴维斯对IBM指出，微软公司有侵权行为，其86—DOS和数字研究公司的CP／M有可疑的相似之处，共相似的地方之多，可能超越了合法的界限。
基尔代尔和一组人员来到IBM总部，与负责此事的埃斯特里奇谈判。埃斯特里奇问他们到底想要什么。基尔代尔说，他想将自己的CP／M—86提供给IBM的个人电脑。
为了消除法律上的麻烦，埃斯特里奇答应了这笔交易。
比尔·盖茨很快就发现此情，他指责IBM损害了微软公司的利益，同时，他加快了获取86—DOS的步伐。
6月25日，保罗·艾伦向西雅图电脑公司的老板布洛克提出，以3万美元购买86—DOS的所有权。
布洛克尚未意识到这个所有权的价值，他同意将86—DOS的所有权卖给微软公司，版费共计为15万美元，可用许可微软语言的权力作为折扣。
比尔·盖茨和鲍尔默、艾伦商议，基本同意花这15万美元。
艾伦认为有5万美元左右就可成交了，但盖茨坚持这个交易的原则是彻底购买，不仅仅是个许可。他提醒艾伦记住罗伯茨的例子，因为一个不完整的协议，会发生许多意想不到的麻烦。
鲍尔默亲自将文件送交西雅图电脑公司，匆匆完成了交易。比尔·盖茨一直催促他快些快些。盖茨想让协议在IBM公司正式宣布“象棋计划”之前签署完毕。
7月27日签署的最后协议，使微软公司以5万美元的补充付款，完全取得了86—DOS的所有权。
作为交换，西雅图电脑公司得到了免费版税许可，即允许它对硬件生产商许可软件使用。它还将得到一个微软公司提议的多用户DOS的改进与加强版的制作，费用只是其开发费用的一半，另一半由微软公司负责。它还能以大约只有平时一半的价格得到微软公司的语言许可。
后来，这笔交易被称为“本世纪最便宜的交易”。
当然，至关重要的是，合同里有这样一条：如果86—DOS侵犯了谁的版权，由西雅图公司负责。这样，微软公司再无后顾之忧，不怕基尔代尔教授的指控了。
微软公司同西雅图电脑公司签署了86—DOS的完全转让权协议后，仅过了16天