朱温兄弟二人终于抢登城头，二人一前一后在城在城上猛杀起来。唐军此时见已经有人登上了城头，都以为城快要保不住了，人心大乱，一个个无心大战一边打一边往下退。城下的人见有人冲上去了，都是人心振奋，一个个也是抖搜精神也冲了上来。这一下守军可是彻底守不住了，向城中退去。朱温带人把城头上的唐军斩杀怠尽之后，冲下了城头，然后命人打开了城门，把城门外的义军全都放进来。只见城门一开，门外的义军如潮水一般拥进了城中，经过一番惨烈的厮杀，义军终于占领了这座城。在战斗结束这后，朱温正在自己的队伍里休息，忽然听到后面一阵杂乱的脚步声响，朱温感到很是奇怪，因为义军从来都是军纪严明，不可能没事儿自己就先乱了的。他回头一看，只见后面飞来一队人马，为首的不是别人正是黄巢。黄巢走近朱温所在的队伍之后勒马停住，然后高声问道：“这里谁叫朱温呐？”一下子所有人的目光全都扫向了朱温，朱温也是一愣，心道：“咦，头领还知道有你朱温这么个人？头领找我做什么？”他怀着惴惴不安的心情走站了出来，然后躬身说道：“属下朱温在此见过将军，其他书友正在看:。”黄巢看见朱温站了出来，他细打量了一番朱温，然后满意的点了点头说道：“嗯，不错，不错，果长是一副虎将的样子，听说这一次攻打亳州是你第一个冲上城头的，你很勇敢嘛！”朱温赶紧说道：“这都是大将军领军有方，三军将士齐用力的结果，属下不敢居功。”黄巢听了之后哈哈大笑说道：“好，胜而不骄，不错，不错，好好干吧，日后你会有出息的。”说完把马一提飞马而去。朱温站在那里还在发着呆，心里想着黄巢刚才说的话，不住的激动。
后来朱温随着义军一直打到了福建，在黄巢的统帅之下，他已经日渐成熟了，也从一个小队长被提升为了小校，也成为了义军当中最能打硬仗的将领黄巢也对他格外器重，也经常向他问计。朱温从此看到了曙光，他觉得自己日后或许真的会很有出息，可是不幸的事情却发生了，与朱温相依为命的二哥在攻打广州的时候中箭阵亡了，以此朱温着实伤心了一阵子，但由一地当时的战况相当紧急，根本就容不得他总是沉浸在伤心之中，战争的残酷让他迅速变得冷血起来，他把兄长阵亡的痛苦全部发泄在对阵杀敌之上。黄巢的义军从北到南，由福建一直打到了广州，横扫了中国的东半部，极大动摇了唐王朝的统治。但黄巢是个很有雄心的领袖，他并没有满足于在南方的胜利，他是想挥师北上，扩大战果。是年自桂州编木筏，沿湘江而下，进逼江陵，北向襄阳。唐廷得知黄巢将北上，遣宰相王铎为南面行营招讨都统，屯兵江陵，又任命李系为行营副都统兼湖南观察使，统兵十万屯驻潭州，“以塞岭北之路，拒黄巢”。此时农民军连下永州和衡州，抵潭州城下，李系惊恐，紧闭城门。黄巢挥兵力战，一日而下潭州，唐军十万人血染湘江。黄巢统领义军乘胜追击，以五十万军进逼江陵，王铎奔襄阳，黄巢兵不血刃占据江陵，北趋襄阳。山南东道节度使刘巨容和淄州刺史曹全晸合兵，大破之于荆门，俘斩十分之七八，黄巢与尚让收余众渡江东走，这时刘巨容以“朝廷无信”停止攻势，曹全晸正要渡长江时，朝廷命泰宁都将段彦谟代曹全晸为招讨使，全晸攻势亦止，段彦谟杀宋浩及其二子。诏任命段彦谟为朗州刺史。黄巢转掠江西，饶、信、池、宣等十五州。
广明元年（880年）三月，高骈派骁将张璘渡江南下，狙击黄巢，黄巢退守饶州。张璘乘胜进军，五月，黄巢又退守信州。春夏之际，岭南大疫，黄巢军兵力损失惨重，“死者十三四”，张璘穷追不舍，黄巢佯降，又贿张璘大量黄金，恳求他手下留情，高骈上奏朝廷，声称黄巢军“不日当平，不烦诸道兵，请悉遣归”。
宰相卢携以朝廷名义，遣散了诸道唐兵。黄巢得知唐诸道兵已北渡淮河，立即与高骈绝交，五月又北上，乘胜攻占了睦州、婺州，张璘于信州战死，六月，相继攻克池州、睦州、婺州和宣州等地，七月强渡长江，兵势甚盛。
广明元年（880年）八月，黄巢军击败曹全晟，渡过淮河，淮北相继告急。高骈慑于其威势，坐守扬州，保存实力。各州县望风而降，十月，黄巢攻陷申州，入颖州、宋州、徐州、兖州。十一月，黄巢至汝州，十七日攻下东都洛阳，留守刘允章率百官迎接；十多天后从洛阳挥兵西进，仅激战六日，十二月初三，攻下潼关，初四攻下华州，后抵霸上。初五（881年1月8日），唐僖宗带随从宦官田令孜等仓皇逃奔四川成都，田令孜恐僖宗见责，独归咎卢携，贬卢携为太子宾客。卢携仰药死。在这段时间里，朱温也是官运兴隆，由一员校官，被提升为偏将军，成了黄巢军事集团当中一名深受黄巢器重的得力战将。
公元880年，黄巢的义军转战浙西、河南，突破潼关天险，直逼向长安。唐僖宗得到消息之后，大为惊慌，赶忙又率领着文武百官匆匆的逃离了长安，躲避到汉中。在这一年的十二月，黄巢进入长安。在进入长安之后，由金吾大将军张直方带领余众迎接。义军进入长安城之后，秋毫无犯，深得百姓的敬重。群众达百万