鉴于上述原因，何应钦等制定了对福建的进攻计划。首先派军队由诏安趋云霄入漳州，同时由三河坝、大埔入永定、龙岩，由蕉岭入上杭，占领汀漳全境。然后，冯轶斐部由潮安取道黄岗入分水关，会同张贞部集中诏安候令，谭曙卿部由梅县集中三河坝候令，闽南民军叶定国、吴威等亦分别集中候令。但此时，闽军也屯重兵于永定、平和、云霄，有直冲大埔、饶平之势。
9月上旬，苏联军事顾问切列潘诺夫被蒋介石任命为第一军军事顾问后，建议采取速战速决各个击破的战略。于是何应钦急调潮、汕、揭阳之第十四师冯轶斐进饶平，第三师谭曙卿赴蕉岭，兼顾大埔，并调其主力第一军屯驻三河坝，居梅县、大埔。
为加强进攻力量，何应钦还调入伍生军千余人赴黄岗扼守，并联络福建民军响应北伐军，以便在北伐军进攻福建时配合作战。为防主力调拨前方后潮汕防务空虚，何应钦急电拨兵增防。于是，驻惠州的第六军第十八师胡谦部于9月6日赶到汕头接防，第五军军长李福林率部一师负责东江惠州的防务。
此时，孙传芳连电周荫人，催促其出兵牵制赣中北伐军后路，周接令后紧急部署，准备出战。
1926年9月中旬．何应钦鉴于两湖战场胜利推进，乃再三电请蒋介石下令攻闽，以策应北伐军作战。9月13日，蒋介石电示何应钦对采闽固守态度：“对福建方面应该声明，如闽不派兵侵粤赣则闽粤仍可和好相处，不入战争漩涡。否则，无论它入赣侵粤，战由他启，咎不在我。”态度较为强硬。
何应钦领会蒋的意图，命各军集中，积极动员。委请潮州分校教育长王绳祖为潮州卫戍司令，率领学生400余人，维持潮州治安，汕头卫戍司令一职则命其弟何辑五充任，协同王绳祖担任潮汕后防警戒，还在汕海马苏口敷设水雷，以防敌舰潜入。何应钦还让闽省党人宋渊源、林知渊等组织参谋团，委任宋为临时主任。参谋团尽心辅佐，出谋划策，使北伐军对闽军事进展神速。
9月17日，何应钦率师出发，发表讨周（荫人）攻闽宣言。18日，何电告蒋介石，决以主力集中高陂，相机进击。
1926年10月9日，双方同时下达进攻命令。战争首先在闽粤边境的永定和松口爆发，闽军主力集中在广东的松口、蕉岭，而北伐军则先攻打福建西南的永定，因为永定不仅是闽粤交通要道，而且是闽军总司令部所在地。
战争开始时，周荫人首先袭击松口之官坪，并与陈炯明相约，里应外合共同攻粤。北伐军则以谭曙卿的第三师第七、八两团，自大埔向永定发起进攻；以冯轶斐第十四师第四十、四十二两团为左路，出大埔击锋市，切断永定至松口的交通，阻敌增援，防敌逃窜。
后来，形势越来越有利于北伐军。在城内守军内外被困的情况下，周荫人遂于9日上午率领10余人，开北门先行逃走，留人困守。在11日，北伐军占领永定，周荫人退至龙岩。北伐军在永定战役取得胜利后，又分左右纵队回师松口。12日，北伐军以优势兵力，在松口与敌刘俊第三军激战近9个小时后取胜，刘俊部几乎全军覆灭。13日，何应钦进驻松口。
永定、松口战役以后，10月5日，蒋介石将入闽作战的第一军、第十七军、第十四军二师合编为东路军，正式任命何应钦为东路军总指挥。
当北伐军正向沿海和闽北进军时，周荫人部对北伐军进行了反击。
这时，蒋介石为加强对福建的兵力，命第十四军赖世璜部加入东路军攻闽。10月27日，第十四军东出瑞金，分两路入闽：一路东出瑞金占领长汀城西北高地。一路占领光泽，向建宁进军，击溃向粤、赣逃窜的闽军，并向福建西部的清流、宁化追击，壮大了北伐军的声威，削弱了闽军的士气。
正当这时，北伐军在江西战场取得了第三次攻克南昌的胜利。此讯传来，军心大振，将士们群情激奋，越战越勇。北伐军第二军第六师奉命与第十四军共同截击周荫人残部，策应第一军向福州前进，而第一军则根据蒋介石“克复漳州后，应速向福州前进，肃清全闽”的电示，追击前进。11月24日，何应钦到达泉州后，发兵三路：一路由南宁、诗山入永春，出湖洋夹击仙游，以塞永泰交通；一路由河市过羊西坑出枫亭，以断通向莆田之路；一路由惠安直上涂岭而抵涵江。至11月下旬，北伐军已连克同安、泉州、仙游、莆田、永泰，直逼福州。
在北伐军东路军步步逼近福州之际，闽军也纷纷阵前倒戈，12月2日，北伐军未伤一兵一卒，从西北门和南门入城，占领了福建省城福州。
北伐军攻击福州时，孙军残敌败退至浙江。至此，福建全省基本平定。
3．光复浙江
江浙沪宁为中国的财富之区，也是北伐军夺取的重要目标。1927年1月初，国民革命军总司令部在南昌召开军事会议，蒋介石、张静江、谭延闿、唐生智、邓演达、李宗仁、朱培德、程潜、张发奎等出席了会议。会上，制定了进军长江下游的作战计划：决定先取沪杭，击破孙军主