“大家虽然对初次见面的神奇宝贝不熟，但是有很好的表现，接下来也请各位享受与更多各式各样的神奇宝贝认识相处的过程。”课程结束，山梨博士上台进行总结。
接着对于这场对战山梨博士进行了打分，“那么，现在要发表这次跟神奇宝贝感情交流最深的学生，那就是红组的小光！”
“我吗？！”小光不可思议的指着自己，然后欢呼雀跃的和臭泥抱在了一起，“太棒了，没问题！”
小智点点头，小光确实名副其实，虽然他也成功帮雷丘建立起了自信心，但与小光让臭泥从人人嫌弃变的万众瞩目，释放出臭泥令人惊艳的魅力相比，确实不够看！
“还有，把个人得分加在一起之后的结果，目前班级对抗排行第一的也是红组！”
小光作为个人得分第一，而小智与小刚的表现也十分不俗，拿下小组第一当然是理所应当啦！
第二是考平带领的蓝组，武藏带领的绿组自然是倒数第一了！
课程结束，众人刚刚熟悉的新伙伴便被收了上去，自此暑期讲座第二天圆满落幕！
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第三天的课程是观察水系神奇宝贝，在研究所分部的后院中的湖泊里饲养各种各样的水系神奇宝贝，就算是有着活化石之称的古空棘鱼都存在。
让小智震惊不已，要知道小智上次见到古空棘鱼还是在他刚穿越不久，在丰缘地区的古辰镇，那时候的小遥才刚刚领取到火稚鸡，没想到不知不觉下已经过了这么久了。
只是小智一行人以及小葵并没有观察湖中的神奇宝贝，而是意外发现了一个洞穴，在这里发现了湖中传说的真相，见到了一只十分漂亮的鱼儿——霓虹鱼！
于是四人决定课题就选择它了，值得一提的是小葵的搭档竟然是只小猫怪，也是它被吸引这才让众人找到了此处。
小智四人成功做出了出色的报告，本来每人应该是满分的，却由于擅自离开湖边，每人都扣了四分，但红组依旧遥遥领先！
翌日，金灿灿的阳光散落大地，小智一行人与小葵已经在教室里坐好了，此刻山梨博士的声音从广播里响起。
“今天要进行的课程是学习与幽灵系神奇宝贝的正确接触方式，这个课程的目的在于学会不论在何时何地碰到幽灵系神奇宝贝，都能采取正确的对应方法，详细的内容将由各位导师告诉各位！”
小智他们的导师开始为众人详细的讲解规则，“那么由我来说明一下规则，每班都要个别分成两人一组，请把放在山顶遗迹里面的这个奖牌拿到手，然后回到校园里来！”
“我们会依照时间长短来打分数，出发时间是今天晚上七点，在那之前，请大家各自找人分好组！”
“这是要举行试胆大会的意思啊！”来到操场上，小刚不由得笑道。
而小光自然而然的跑到小智面前，“小智，我们一起组队吧！”
“没问题！”小智毫不犹豫的答应了下来。
小刚则无所谓的与小葵组成了一队。
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夜晚时分，幽静的森林入口处，小智所在的红组被带到此处。
小次郎作为工作人员宣布道，“红组是由这个门出发的，至于蓝组跟绿组，则是从其它的门出发，每个门到遗迹的路程都是一样的。那么，出发吧！”
红组第一队正是小智与小光，两人率先出发，其它小队再接连出发。
小智肩上带着皮卡丘与伊布，而小光却没有放出波加曼反而派出她的闪光小火马！
在小火马身上燃烧的幽蓝火焰加持下，让小智两人周围瞬间亮了起来，但在外人看来却显得十分诡异，毕竟幽蓝之炎大多都被称之为鬼火！
小智两人才刚走没几步，就有一只鬼爪从草丛中探出抓住小光的脚踝，让本来正在赶路的小光差点跌倒。
而小火马当即冲上前将草丛扒开，发现是鬼斯、鬼斯通以及耿鬼这一条幽灵系的进化链。
小光也不害怕，反而气势汹汹的质问道，“你们要做什么？不要搞这么低级的恶作剧好吗？”
吓的这三只幽灵神奇宝贝抱在一起缩成一团瑟瑟发抖，小智无奈的笑了笑，看来小光并不害怕幽灵神奇宝贝。
小智给它们留下些幽灵神奇宝贝食物，就拉着小光向山顶遗迹赶去。
两人不知道的是，此刻整片森林早已乱套，事件的起因便是，考平与一个小女孩来到了悬崖边，而小女孩竟然诡异的飘在空中。
考平差一点就跌落悬崖，却被一只黑夜魔灵救下，考平也被黑夜魔灵吓晕过去，这时小刚与小葵赶了过来，并且误会了黑夜魔灵。
自此每当小女孩想要蛊惑人心时，黑夜魔灵就出来捣乱，而众人却都被黑夜魔灵吓到了，可以说除了小智与小光这一组，所有人都已经返回山梨研究所分部了！
小刚与小葵已经将事情的经过告诉了山梨博士，山梨博士也满脸疑惑，“真是奇怪，这座山上的幽灵神奇宝贝都是由我们研究所管理的，但是并没有黑夜魔灵，而且附近也没有野生的幽灵神奇宝贝才对，还有你们说的小女孩......”
说到这，山