发展起來。当时在山东地区流行最广的是太平道。巨鹿人张角就利用它來作为组织号召农民起义的有力工具。
灵帝中平元年（公元184年）。张角领导的黄巾大起义正式爆发。这是一次有组织有准备的农民大起义。起义前后持续了20多年。参加的人数不下数百万。其活动的地区包括青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫等地区。山东农民在这次起义中起到了巨大的作用。
黄巾起义爆发时。黄巾军的主力分三个地区：冀州地区。由张角、张宝、张梁直接指挥；颍川地区。由波才领导；南阳地区。由张曼成领导。起义军在开始几个月。不断取得胜利。张角领导起义军打败了卢植；颍川黄巾军打败了朱倘；南阳张曼成攻杀了南阳太守。后來。由于东汉政权的全力反扑和镇压。几支大的农民起义军相继被镇压。颍川、冀州、南阳的黄巾军失败后。分散在其他各地的农民起义军。仍然高举着黄巾军的旗帜。继续进行战斗。其中比较大的有：冀州的黑山军。有上百万人；并州的白波黄巾军。有十几万人；益州黄巾军。曾控制今四川大部地区等。而最有影响力的、并保存着原有实力的是青、徐两州黄巾军。他们成为后期黄巾军的主力部队。
光和七年（公元184年）后。青州成为黄巾军的集结点。徐州黄巾军因遭到徐州刺史陶谦的攻击。全部转入青州。与青州黄巾军会师。因此在当时也有“青徐黄巾”之称。他们转战于冀、青、兖三州之间。不断得到当地群众的拥护支持。同时随着其他各州的黄巾军主力瓦解后有许多将士前來会合。使他们的力量不断发展壮大。成为继张角之后的一支坚强的黄巾军。到初平元年（公元190年）。袁绍军组织的关东联军和董卓相持的时候。青、徐黄巾军得到了发展的机会。据曹丕在《典论自叙》中所说：“黄巾盛于海岳。山寇暴于并冀。乘胜转攻。席卷而南。乡邑望烟而奔。城郭睹尘而溃。”当时的青州（治临淄）刺史焦和是一个昏庸无能的家伙。他的军队虽然兵器很利。人数很多。但还沒等起义军到來。他们就望风而逃。不敢交战。黄巾军则从容地在当地组织群众和整顿队伍。孔融是当时的北海（治剧。今山东寿光南）相。由于他是一个纸上谈兵的蠢才。结果被张饶等率领的20万大军打得大败。孔融逃到都昌（今山东昌邑）。结果又被黄巾军管亥部所包围。多亏刘备派兵來救援才使他得以解围（参见《后汉书·孔融传》）。初平二年（公元191年）十一月。青州黄巾军30万大军进攻泰山郡。与太守应劭的军队多次交战。损失辎重2000辆。接着黄巾军又想通过渤海地区和正在东进的黑山起义军会师。当时。黑山起义军以太行山为根据地。声势很大。其实力与青州黄巾军不相上下。如果这两支大军能够汇合起來。统一指挥。就会更有利于起义军的发展壮大。但是。由于北上的青州黄巾军人数众多。在通过渤海地区的急行军中缺乏戒备。结果在东光（今河北东北）附近遭到公孙瓒出其不意的袭击。死3万多人。损失辎重数万辆。当他们渡黄河北上时。又遭到公孙瓒的截击。死者数万人。损失车甲财物不可胜数（《后汉书·公孙瓒传》）。到了初平三年（公元192年）四月。青州黄巾军经过整顿。决定转向进攻兖州。在东平（今属山东）附近打败了兖州刺史刘岱的主力军。杀死了刘岱。农民起义军的声势再度兴盛起來。
刘岱一死。兖州群龙无首。这时曹操的部将陈宫建议曹操乘机接管兖州。于是。曹操派人去兖州劝说众官吏接纳和拥戴曹操做兖州牧。最终兖州众官员鲍信等人同意了此举。鲍信和兖州治中万潜等人亲自去东郡迎接曹操前來做兖州牧。这时。青州黄巾军已经到了寿张（今山东东平西南）。曹操亲自带兵与青州黄巾军在寿张交战。当时的形势是：青州黄巾军有30多万人。久经战斗。士气正旺；而曹操只有几千人的队伍。双方力量对比。曹操明显处于劣势。曹操与鲍信等人率步骑千余人到前沿阵地视察。一直來到黄巾军营地。结果被黄巾军发现。曹操仓促应战。死了数百人。多亏鲍信等人力战。才使曹操得以冲出重围。逃回驻地。曹操回营后。整顿队伍。设下埋伏。再次和黄巾军展开决战。经过连续几个昼夜的战斗才将黄巾军击退。
此时的青州黄巾军。虽然作战勇猛无比。但却面临着一系列严重的困难。黄巾军经过公孙瓒的不断袭击。丧失了许多辎重财物。使黄巾军的补给发生了困难。另外。起义军的根据地青州。被袁绍的部下臧洪占据。臧洪对黄巾军采取了竭力镇压的政策。这就使得黄巾军男女百余万人口不可能再回到根据地去定居。从事安定的生产和生活。只好随军移动。给养的严重缺乏就成了大问題。曹操就抓住了农民军的这一个弱点。指挥将士不与黄巾军展开正面作战。而是乘机间隔性地袭击起义军。以此來困扰黄巾军。在这样的情况下。黄巾军一面向济北退却。一面给曹操发出一道檄书。说：“昔在济南。毁坏神坛。其道乃与中黄太乙同。似若知‘道’。今更迷惑。汉行已尽。黄家当立。天之大运。非君才力所能存也。”劝说曹操不要“迷惑”。不要和黄巾军为敌。曹操将计就计。对于正处在困境中的青州黄巾军进