这其中就包括了日本，这里虽然不是受灾最严重的地区，但却是人口最密集的地区之一，地球上人口密度最大的城市之一，就位于这个岛国之上。
而在蓝诺们在安置难民的同时，碇真嗣也出生了，虽然他的灵魂已经是解开了二阶基因锁的状态，但现在他的记忆几乎被全部抹除，只不过是一个婴儿。
而此时的碇源堂，还是个年轻人，还没有，整天戴着墨镜，也不会标准的司令姿势，看起来更是显得有些瘦弱。
这个时候的他还和碇唯过着看起来幸福美满的生活，相比于碇唯，碇源堂对于自己的这个孩子并没有特别喜爱，属于那种在生产过程中如果出了问题的话，会果断选择保大的类型。
不过在碇真嗣还小的时候，碇唯还没有融入到初号机里的时候，碇源堂对待自己的孩子的态度还算不错。
人类进化研究中心中，碇唯逗弄着碇真嗣，对身边的碇源堂道：“我们的孩子未来一定会成为一个伟大的人的。”
碇源堂闻言看着襁褓中的那个婴儿，随后点了点头：“应该吧！”
两人各自都有各自的秘密，只不过这个时候的碇唯，知道的，其实比碇源堂多一些。
碇唯也是能够在轮回之中保留自己的记忆的，虽然不至于像蓝诺这么变态，连世界重塑的过程都能够清晰的看到，但关于世界轮回，关于生命果实和智慧果实，关于人类补完和第三次冲击，第四次冲击的事情，她都还清晰的记得，这也是她在实验过程中会主动融入到初号机之中的重要原因之一。
碇源堂在拿到了尼布甲尼撒之匙后，也拥有了一定程度的在轮回之中保留记忆的能力，但和融合到初号机里的碇唯相比，还差了很多，至少在碇唯融入到初号机内部之前，碇源堂的记忆都没有苏醒，不然的话他无论如何都会阻止这个过程。
碇唯所说的碇真嗣将成为一个伟大的人，并不是一个祝愿，而是一个预言，因为碇真嗣每次都会作为人类补完的主导者，而他如果无法成为一个伟大的人，让人类补完有一个完美的结局，那么轮回就会一直持续下去，直到他成为这样的存在，这其中本身就有碇唯的引导。
这是一个母亲，面对自己的孩子的时候，的私心，但同样也是选择了对人类最好的结局。
随着第二次冲击的爆发，世界各地都在忙于救灾，相比于原本的历史线，这一次的死亡人数少了太多太多，更是有诸多工业设施被抢救出来，重新恢复运转，逐渐维持住了各受灾地的自己自足。
而人类也从死海文书之中，得到了来自远古的预言，死海文书本身就是和亚当在一起坠落到地球上的，上面记录的则是使徒的诞生，以及使徒遇到亚当可能会触发第三次冲击毁灭人类的事实。
因此人类也开始了第三新东京市这类防御设施的建设，之前的人类进化研究所也改成了直属联合国的特务机构nerv。
第三新东京是一座海滨城市，本身是一座可以降落到地面以下的要塞都市，城市之中的所有建筑都是可以下沉进入地面之下，而这还不是最重要的，最重要的是在第三新东京市的地下，有一个巨大的空间，而人类预计在那里建设另一座城市，那里才是真正的超级堡垒，守护着最终教条，是防御使徒的最终防线。
这里的地下空腔可以算是天然形成的，当黑之月坠落带来莉莉丝的同时，也在地球上砸出了一个大坑，而这个大坑最终就形成了这样一个巨大的地下空间。
整个地下空间大致呈现为半球形，半径约有三公里，经过一定的清理，修整和加固之后，这座地下都市就可以正式进入建设了。
在地下都市的头顶除了有第三新东京之外，还预计建设二十四层厚重的防御层，就算是核弹，如果在数量不是特别多的情况下，也是无法击穿这层防御的。
这本身就是一个大工程，在原本人类的工业受到重创之后，完成这一工程消耗了全球大量的资源，这也是人口锐减的重要原因之一，大量的资源消耗在了这座地下堡垒上面，导致许多欠发达地区得不到物资的保证，从而产生了更多的难民，战争和冲突也因此爆发。
不过这次情况有了一定的变化，在大量人口被保全的情况下，人类的工业体系保留的相对完整，这种情况下，第三新东京市的建设比起预计之中要快得多，消耗的资源也没有造成太大的社会问题。
而在第三新东京建设的同时，人类也开始建设起了自己的巨型机器人eva，相关的技术虽然并没有被完全共享，但这些巨大的机器人建设的过程中，却是借用了全球的工业力量，其中的二号机就是在德国进行建设的，而在不久之前，碇真嗣出生前不久，明日香也出生了，准确的说是被克隆了出来。
原着中的明日香并不是本体，而是克隆体，而且克隆题有许多，她是唯一一个被保留下来的，只不过领养她的家庭环境条件显然是有点问题，明日香的养母在领养她后不久，就患上了精神疾病，并不将她当做自己的女儿，而是将一个娃娃当作了自己的女儿。这曾经给