可面对阮元这样两封奏折，嘉庆却根本不能满意。
“这浙江米价，为何今年还是居高不下朕记得，去年浙江报了水灾，朕也蠲免了几个县的赋税，有灾荒，米价高些倒也罢了。可今年呢，浙江并无报灾之事，为何米价还不能降下来想来也不过是海寇依然肆虐，沿海奸民为求私利，偷漏米粮给了海寇，这才让浙江米价居高不下阮元这次浙江巡抚，是怎么当的粮价降不下来，海防不能断绝接济，如此昏聩糊涂，朕要你继续做浙江巡抚有何用”
“浙江漕帮并无偷漏米粮之事，阮元到底有没有严查下去若是每个督抚都像阮元这般，都给朕报漕帮无事，那少了的漕粮是去了哪里，京仓又怎么会出现那么多朽米霉米阮元究竟在做什么，刘凤诰之事，陆言说早已民怨沸腾，他竟报了个本未得有实据，现在托津的折子到了，刘凤诰有连号之罪这样想来，阮元说的未有实据云云，不过是他包庇的借口刘凤诰是己酉科进士，阮元也是，己酉科”
“今年这几件案子，哪个没有他们己酉科的影子李毓昌案，铁保是己酉科副主考，阮元刘凤诰，皆以恩师称之，黑档案，李钧简是己酉科，杭州科场案，刘凤诰任泽和，一样是己酉科嘿嘿，真是好老师，好学生啊，有这般昏庸包庇的老师，也就有这般上下欺瞒的学生平日空言师生情谊，实则蝇营狗苟，无恶不作朕亲政十年，对这些人太客气了，这一次，朕若是不出重拳，这天下百姓，还如何相信我大清的国法纲常”
就这样，阮元的命运，也开始逐渐发生了变化。
嘉庆十四年七月初，新的上谕到了杭州，这次嘉庆对阮元再未容情，而是直接命令阮元停止一切浙江巡抚职务，将浙江政事交予布政使庆格、按察使蒋继勋共同办理。同时，嘉庆让江苏布政使蒋攸铦南下杭州，待蒋攸铦到任之后，阮元便需将浙江巡抚印信交割于他。之后，阮元须入京觐见，等候嘉庆发落。
上谕下达之前，托津和卢荫溥也已在杭州将刘凤诰一案前后文卷整理完毕，便即押着刘凤诰，一道回了京城。阮元接了上谕，清楚这时自己根本无法对嘉庆申辩，而且自己也确有识人之过，只得会同庆格、蒋继勋，以及杭嘉湖道李赓芸，将未决之事一一交接给了三人。之后，阮元回归抚院内宅，闭门不出，只等新任巡抚到杭州接印，便即启程，北上向嘉庆谢罪。
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