康熙平定三藩后，由于三藩的手下已经没有了残余势力，但吴世璠是自己投降的，更何况吴世璠还是自己的表兄弟（建宁公主是康熙的姑姑，并不是康熙的妹妹。）所以康熙只是将吴世璠给软禁了起来，吴世璠自从被康熙关在圆明园后，饮食也渐渐的供应不上，没过多久吴世璠便饿死在圆明园。至于耿精忠和尚可喜，则是被处以凌迟极刑。
此时蒙古部落的准噶尔部正在崛起，原来噶尔丹的兄长僧格在不久前的内讧中被杀，噶尔丹这才从西藏返回自己的部落，并用强硬的手段当上了部落的首领。当上了首领的噶尔丹不满足于现状，他想像成吉思汗一样，重振大蒙古帝国的雄风，便开始了反清的道路。
公元1688年，噶尔丹亲率3万蒙古铁骑东进伊犁，不久就打到了喀尔喀部（今外蒙古。）喀尔喀三部落的首领敌不过准葛尔部，只得率领部落的10万人马往京城逃跑，并将噶尔丹造反的消息告诉康熙。
这个康熙并不是历史上的康熙，一个了解清朝历史的盗墓贼怎么会不知道准葛尔造反的事情？所以早就有所准备。
但准葛尔汗国可不是一般的大，准葛尔汗国掌控天山南北，西起巴尔喀什湖，东至吐鲁番，北达阿尔泰山，西南至吹河、塔拉斯河的广大地区，就连西藏部分地区和准葛尔盆地也在准葛尔汗国境内，其版图更是达到了惊人的七百多万平方公里，面积比平定了三藩，收复了台湾的清帝国还要大。毕竟清帝国巅峰时的版图也只有1314万平方公里，从这可想而知准葛尔汗国的强大。
噶尔丹也不是傻子，虽然正面作战，噶尔丹有打赢的把握，但他为了把损失降到最小，居然和当时的沙皇俄国结盟。原来前不久沙俄在雅克萨被清军暴捶一顿后，一直想复仇，如今噶尔丹派人来结盟，对领土极为渴望的伊凡四世便愉快的答应了。并再次点起五千精兵，浩浩荡荡的向尼布楚杀去。
康熙知道南怀仁与戴梓不和，康熙有意提拔戴梓，便加封戴梓为破虏将军，让戴梓前往尼布楚迎击俄军，击败俄军后，前往伊犁与大军汇合。
沙俄的军队虽然都装配着洋枪，但洋枪一次只能打一发，然而戴梓所研发的28连珠火铳却可以一次打出28颗弹珠，这也就是为什么连珠火铳又称28连珠火铳。
东斯拉夫人是欧洲迁徙过来的，所以他们只会站成一排与敌人对射。但戴梓可不光是只对物理有兴趣，他对排兵布阵也有很浓厚的兴趣。本来连珠火铳的威力就比洋枪大，沙俄军再次在尼布楚被清军伏击，只得乖乖的撤回乌拉尔山脉。
正当戴梓在奋力追杀沙俄残余势力的同时，康熙那边的战况却不是很好。虽然康熙下令运输大军可以用蒸汽火车，但蒸汽火车和铁轨造价都比较昂贵，所以大军只能推着大炮往伊犁进军，清军和准噶尔的大战一触即发。