第一阶段剧情的最后，主角在探索的过程中不断发现更多虫族猖獗活动的痕迹，并听从指挥官的命令不断探索。但在调查某个可疑地点的时候，主角的小队突然遇到了大量的虫族，仓皇之间想要撤退，但虫海已经将他们完全包围。
主角的小队在激烈的战斗之后，终于杀出一条路，与前来接应的小队会和，但就在这时，地底下突然毫无征兆地钻出来一条沙虫，一下子咬住主角的左臂，将他拖入了地底。
主角跟自己的小队失散了，等回过神来的时候，他已经来到了地底的洞穴中，这里是虫族的巢穴之一。
而从这里开始，游戏则是进入了第二阶段的剧情。
主角使用防护服的潜行能力小心翼翼地在虫族的巢穴中寻找出口，游戏的玩法也从fps变成了潜行为主、射击为辅，只有在小部分不被发现的情况下才能开枪消灭敌人。
主角在虫族巢穴中要避开那些强大的虫族，同时还要不断地找寻出口，在这期间内，他所有的补给都来自于跟他差不多的被拖入虫族巢穴的人类战士。
这些人就不像罗舟这样好运了，他们基本上都没能逃出虫族的巢穴，虫族把他们的尸体残骸啃食殆尽后，破烂的防护服、护甲板、能源块等等，就全都堆积在了巢穴中。
每隔一段距离，罗舟都能找到一些虫族的垃圾堆，在里面可以找到一些能废物利用的补给品，以此维持自己防护服的能源和子弹的补给。
在第二阶段，玩家基本上是处于完全孤立无援的状态。跟外界的通讯被切断，也无法很好地确定如何离开虫族巢穴，物资极度匮乏，而且虫族的数量完全超乎想象。
在这个阶段，游戏难度稍有提升，但并没有提升到很高的程度。没有了队友的支援，主角必须自己解决所有的麻烦，这可能会让玩家们回忆起队友的好；即使拿到了资源也无法换成物资，想要获得补给只能去翻垃圾堆，不管是子弹还是能源都必须特别节省；见到虫族也不能无脑开枪，而是要根据敌人的特点决定是要暗杀、射杀还是避开。
第二段剧情是类似于传统迷宫的构造，玩家可以自由选择路线，但最终还是会走到正确的路线上去。在成功逃离虫族巢穴之后，主角成功跟小队恢复了联络，得知虫族大军正在源源不断地发动进攻，只有找到巢穴中脑虫的位置才能遏制虫族大军。
于是主角再度返回虫族巢穴，最终炸死了藏身在地底的脑虫，非常惊险地逃出生天。
这次事件之后，主角和小队成员受到表彰，继续执行任务。
时间一晃来到数年之后，在这段时间内，人类不断地扩展实际的控制范围，同时拆解零件修复飞船和建造行星发动机的任务也在不断地向前推进。
再次从军营中走出来，罗舟抬头就能看到远处正在建造的行星发动机，那是一座一万多米的巨大山峰，离得很远就能看到。这是第一批修建的行星发动机，到目前为止只是搭起了一个大框架，能够看到无数的小型飞船正在围着它不断忙碌。
即使是这种级别的工程，人类的进度也很快，毕竟是在跟死神争分夺秒。随着游戏进程的推进，每次玩家看向行星发动机的时候都会诧异地发现它好像又完工了一小部分。
主角因为之前摧毁虫族巢穴的优异表现而得到指挥官的赏识，甚至能够直接面对星际火种计划的最终负责人最高执政官，从那里直接领取一些极为特殊的任务。
这次主角领到了一个让他有些诧异的任务，他要跟其他士兵一起协助进行星际飞船的修复工作，并警惕意外的发生。
修复星际飞船的议案从最开始就在讨论中，但直到现在才开始着手进行。所谓“修复”，无非是把完好的飞船零件拼凑一下，拆东墙补西墙，补出小部分能够正常运行的星际战舰。因为人类目前的科技尚不足以生产那些星际飞船的核心关键部件。
之所以这个议案到现在才着手进行，是因为在高层中始终存在着分歧和争议。罗舟从最高执政官处得知，虽然表面上看起来高层就星际火种计划达成了一致，开始全力发展重聚变技术、修建行星发动机，但私下里反对的声音一直都有。
在执行任务的过程中，罗舟通过窃听、搜集资料的方式，大概搞清楚了事情的全貌。
现在的高层已经分裂为飞船派、中立派和行星派三个派系。
目前，中立派暂时站在行星派，也就是最高执政官这边，飞船派的人数最少。但飞船派中有大量的高级军官、技术精英，虽然暂时没有什么非分之想，但可能产生的破坏力却是不容小觑的。
而这些人之所以坚定选择飞船派，理由也看似很充分：“行星发动机是以全人类命运为赌注的一场豪赌，一旦失败人类将会万劫不复。作为人类的精英，他们理应首先撤离，而不应该在这里冒无谓的风险。”
飞船派的人在数年的政治运作无果后，已经把在密谋抢夺飞船，进行叛逃。
在游戏的这个阶段，玩家的主要活动区域是在损坏的舰队区域。大量的工程师在对飞船进