由皇帝直接掌握最后一个势力，其实并不是一个部门, 而是一支军队, 也就是皇城禁卫军团。
现在禁卫军团的编制是二个步兵师、一个步兵旅、一个骑兵旅和一个特种兵团，共计兵力在三万五千人左右，在装配上，全部都换上了线膛枪和线膛迫击炮等最新的武器。其中有一个步兵旅，现在留守在北京。其余全部都驻守在南京，全部都驻扎在南京城里。
在名议上，这支军团是属于南京军区管辖，但将领的任命、罢免，都是由皇帝决定，而且这支部队的士兵都是从各军区抽调的精锐士兵，不仅专业技能过硬，而且在政治上也绝对可靠，任务除了保护皇城安全之外，还担任皇帝或皇室成员的护卫，仪仗等等任务。当然在必要的时候，还可以上战场。
如果真的有人想要图谋反判的话，就凭着这支军队，商毅也就可以在短时间内控制南京城里的局势，发动一场全面的政变。因此这也是商毅手里掌握的最为重要的一张王牌。
当然商毅设立这三个机构的目地，并不是说要加强皇权，全面控制国家，如果是那样的目地，也就不用费心去搞什么三权分立了，只要沿用明朝的制度，就可以确保国家权力永远掌握在皇帝的手里，因此主要还是防止出现紧急情况。现在帝国己经形成的三权分立的结构，正是商毅最希望的政治结构，商毅并不会主动去破坏，但也不能不防，毕竟在这个时代的皇权思想仍然很重，很难说沒有人不想挺而走险，來谋夺皇位。
虽然说帝国政治结构决定了，很难有人能够控制得了国会和內阁，但凡事都有万一，在另一时空里，既使是在三权分立的架构中，仍然出现了为数众多的独裁者，何况现在帝国的改制并不彻底，还保了大量的封建残余，而且商毅也己经让出了大部份的权力，因此一但出现了危急情况，商毅不可能一点还手之力都沒有，必需对自巳保留一手。而这三个机构，就是保证商毅在出现危急情况，有足够的反击甚致是主动出击的力量，从一定意义上说，还可以保护现有的体制。
掌握了这三个机构，加上对国会的否决权，对内阁和司法部的提名权，尽管商毅让出了大量的权力，但也差不多可以保证，皇位的稳定。
国家体制在一点一点的建立中，內阁、司法的各部门也都在构建中，但只有国防部，因为需要等新任的国防部长周少桓从山东军区赶到南京來，才能开始国防部的组建工作，另外也只有等国防部组建之后，商毅才有可能对军队系统进行改组，因此在周少桓还沒有到达南京之前，军事系统的组建也只能先放一放。
最后要制定的就是帝国的品级散官、勋爵制度，还有就是官员的俸禄制度。
中国古代的官员大体都有三个称号：一个是品级散官，也就是所谓的几品官员，如宰相是当朝一品，知县是七品等。虽然从晋代实行了九品中正制以后，历朝都使用正从九品做为品级散官的标准，不过在每一品里又分了二或三等，因此实际的等级往往都有四五十级，明朝的官职是文散官三十一级，武散官五十二级。而每一级都有一个相应的名称，这就是品级散官。
第二个是实际的职务，如內阁首辅、各部尚书、巡抚、知府、知县等，当然每一个职务也都有相对应的品级，一边來说，做官都是重职不重品，只要是职位好，占一个肥缺，品级差一点都沒关系。
第三个就是勋爵，其实在唐、宋、明时期，勋和爵是两个概念，在明朝开国的时候，设了文勋十级，分别为左、右柱国、柱国、正治上卿、正治卿、资治尹、资治少尹、赞治尹、赞治少尹、修正庶尹、协正庶尹。武勋十二级分别为左、右柱国、柱国、上护军、护军、上轻车都尉、轻车都尉、上骑都尉、骑都尉、骁骑尉、飞骑尉、云骑尉、武骑尉。而爵就是人们熟知的公候伯孑男五爵。虽然都有相应的品级，但都属于荣誉称号。但按一般的习惯，是重爵不重勋，到了清朝，才将勋爵合一，不分文武，统称为爵。当然在官员封爵之后，除了荣誉之外，相应也会另外增加一份俸禄。因此历代以來，官员也都以封爵为荣。
虽然品级散官、勋爵制度，并不是官员最关心的事情，但也有必要制定出來，而且中华帝国毕竞建立了一种新的政治制度，比如说国会的议员，到底应该怎样算才合适，另外有了品级，也就能制定相应的俸禄制度。这就是关系到每一个官员的切身利益了。因此只有确定了官员的品级，整个官僚体糸才算是真正的完善起來。
不过商毅并不想把官职制度弄太复杂, 因此取消了散阶官的名称, 只设了正从九品, 同计是十八个等级, 相对应的职位來说：内阁首相为正一品，副相为从一品，内阁大臣为正二品，各部长，以及省长、直辖市市长为正三品，省会市市长为正四品，一般市长为正五品，县长为正六品、乡长、镇长为正七品。和明朝相比，最大的变化就是县长由七品升到了六品，不过在县以下还有一个乡镇级，因此这样的改变也说得过去。
国会的品级设定为：国会的议长正一品、执行议员正二品，候补执行议员正三品，普通议员，从正七品