就在商毅接见了朝鲜使团的第二天，李定国和三名原大西军的将领，孙可望、刘文秀、艾能奇都到达了南京，为二十五军违纪事情，进京请罪。而甴大西军整编的第二十五军驻扎在南京西南的大胜关。
在南方的战场上，也包括在中原大战中，中华军都俘虏了大量的敌军，并且有大批俘虏直接转化为中华军的士兵，虽然这批士兵在后来的一些战斗中的表现不错，但毕竟是刚刚成为中华军不久，还保留着许多原来旧式军队的陋习作风，违反军纪的现像频频发生，而且大部份都是发生在整体转编成为中华军的部队中。不过大的违纪事件到是沒有多少，基本都是一些小抢小劫，强买强要的事件，敢明目张胆的杀人抢劫，**妇女，还真的没有过。因此这次二十五军中发生的这件违纪事情，可以说是非常严重的。
不过对二十五军的违纪事件，有人认为二十五军毕竟是一支刚刚投降的部队，如果对这一事件大作文章，一来怕是让孙可望、刘文秀、艾能奇等人生嫌，二来也容易看成是中华军在有意打压降军，动摇其他的降军军心，认为不访可以不大张旗鼓，惊动社会，暗中处罚了结。
但商毅则认为军纪就是军纪，在实施的过程中，可以灵活掌握尺度，但决不能违反原则。无论是老兵、降兵都是一率平等的，只要是能够做到一视同仁，降兵也不会有其他的想法，同时还可以当作典型反面例子，警戒其他的降兵认识到尊守军纪的重要性，而对那些还有桀傲不逊的降军降将，同样也是一个严厉的警告，并且借这件事情，对全军做一次整风行动。因此商毅也立刻下令，在武英殿招见四人。
见了商毅之后，四个人都有一些不大自在，李定国首先代表四人，向商毅请罪，承认过错。
等李定国说完之后，商毅这才沉声道：“李定国，你也是中华军的老兵，应该明白我们中华军能够战无不胜，攻无不克，靠得并不是火枪火炮，而是严格的军纪，和百姓群众对我们中华军的支持。在中原大战中，清军也有不少火枪火炮，但为什么还是失败了，就是因为他们没有民群的支持，在我们中华军作战的时候，有百万战场支前的民役，在后方还有数千万全力支持我们作战的广大百姓群众，正是有了这些支持，我们中华军才能一直取胜到今天。还记得我们中华军付责是什么，保国卫家，护境安民。因此这一次你带他们到南京来，沿路上也多加教导，想不到还是出了这样的事情。”
李定国低着头，道：“皇上，这件事情臣确实有错，愿意接受处罚。”
商毅点了点头，道：“你先退下，等着处罚吧。”
李定国答应了一声，退到了一边。商毅又看了看另外三人，道：“孙可望、刘文秀、艾能奇，虽然你们三人是刚刚加入中华军。但朕想无论是罗远斌, 还是李定国, 都会对你详细的说明中华军的军纪, 你们要加入中华军, 朕欢迎之致, 而且你们过去是什么样子，朕也可以不问，但加入了中华军, 就要尊守中华军的规据,不能向你们过去那样乱来。这一次的事情, 并不是针对你们，而是在军纪面前，无论老兵新兵，全都一视同仁，照章行事，绝沒有区别对待。因此对你们的处罚，是否心服。”
当然在这个场合，谁敢和商毅抬扛，硬说自己不服呢？因此孙可望也代表刘文秀、艾能奇道：“回禀皇上，这一次都是臣等失望，才犯下大错，因此臣等都愿接受处罚，绝无怨言。”
商毅又点了点头，道：“你们回去，听候处置，希望你们以后记住这个教训，严格约束手下的士兵，严肃军纪，不得再犯。”
到了下午，统战部下达了对这一事件的处罚决定，参与这一事件的九名士兵，全部从中华军除名，削去所有军衔，并交刑部治罪。经过调查，有六名士兵参与过杀人，全部判以死刑，而另外三名士兵各判十年监禁。九名士兵的直属连排班上司，全部降职、降级、记过处份，师团营级上司记过，而三名军部军官，各降一级军衔，记过一次，但保留军职。并责令三人，对死者家属当面公开道谦。并给予陪偿、抚恤。而李定国也有间接过失，给予记过一次。
不过就在第二天，商毅再次招见孙可望、刘文秀、艾能奇三人，则是对他们主动归顺中华军，放弃抵抗，减少战争的进为进行赞扬，并且赐给他们一些钱财物品，以示表彰，同时也对二十五军全军都给予了一定的奖赐。这是早就谈好的条件，并不能因为一件过失而取消。该赏则赏，该罚责罚。
同时商毅又下令，将这件事情的经过和处理结果通报全军，并要求各部队都要引以为戒，加强部队的军纪意识，由其是要加强对新兵的思想教育。
而处理完这件事情之后，商毅又单独招见李定国和孙可望、刘文秀、艾能奇三人。
首先告诉李定国，在新年之后，他将返回南阳，率领湖广军区剩余的两个军，加上从淮南军区调过来的一个军，进军西北，收复陕西、甘肃地区，并且在收复这些地方之后，就地成立甘肃军区。付责西北边境的安全。二十五军将赶到开封，由成进指挥，参加收复北京、山西的战斗