商毅接到南京的这一系列决议之后，也只能苦笑。他当然淸楚，虽然这些决议表面是马士英做出的，但在背后恐怕都有玄皇教指使的影子。
玄皇教当然不会怕史可法回京入阁，但对商毅却充满了警惕，商毅手里不仅有兵，有地盘，又极能用兵，还有很强的施政能力，由其是在商毅取得了守卫淮河防线的胜利之后，声望几乎己经达到顶峰，整个南方的有识之士几乎都视商毅为抵抗清军南侵的唯一希望了。
现在淸军的进攻受挫，对南方的危胁也大大减少，因此在玄皇教眼里，商毅己经取代了清军，成为玄皇教眼中的最大的危胁。说句难听的话，如果商毅也学左良玉那样举兵，从浙江杀入南京，恐怕要不了十天时间。
因此玄皇教主也招集教内的几名长老商议决定，借这个机会，把黄得功和刘良佐这两部人马留在南京附近，一方面找机会慢慢吞并这两部人马，把他们收为自己的私军，另一方面也让商毅去和清军硬拼，好坐山观虎斗。让他们拼个两败俱伤之后，再坐收渔人之利。
不过玄皇教还是釆纳了商毅的另一个建议，招降李自成的大顺军，让李自成的大军驻守湖北，帮助南京朝廷，守住长江中游。当然玄皇教也知道，招降李自成当然是一件冒天下大不违的事情，因此也按照商毅的建议，这些事情都是以马士英的名议去做，让老马去承担这个骂名，在必要的时候，还可以把马士英给牺牲掉，反正在玄皇教看来，现在马士英的作用也只是一枚棋子。
虽然商毅这次被玄皇教摆了一道，但现在也没有别的应对办法，好在他一直都没有对明军抱以多大的指望，而且也从来都没有在凤阳死守淮河一线的打算，在取得了第一阶段的胜利之后，也更坚定了他的这种想法，就算黄得功和刘良佐返回了江北。如果清军真的再出动大军进攻，商毅还是会适当放弃凤阳，退守到扬州一线，利用江淮这一带广阔的地区，并不拘泥于一城一地的得失，而是在局部战场集中优势兵力，以运动战歼灭清军的有生力量，慢慢的和清军周旋。只不好现在给自己实施这些战术，减少了一些接应点，增加了一些困难。
因此商毅还是下令李岩，让他派弟弟李牟先到南京，接受南京朝廷的委任，领取诏，然后赶到湖广，去寻找李自成。
这时李自成的处境己经相当难过。在清军攻占了西北之后，大顺军分东西两路向湖广撤退，东路军是由李自成、刘宗敏、田见秀等大顺军的主要将领率领，为大顺军南下的主力人马，士兵连同家属共计有三十余万，而且又携带了大量的财物辎重，因此行动十分缓慢，又遭到阿济格的穷追猛打，在邓州、承天、德安等地均遭到清军的追击，双方连续接战数次，大顺军均告失利。不过李自成到是且战且退，终于在弘光元年1645年三月下旬，到达了襄阳府。
而西路的大顺军就遇到了一些麻烦，这一路的主将是李过和高一功，他们原本是驻守延安、榆林的人马，李自成弃守西安之后，原来大顺军在西北地区的原明朝归附将领左瓖、牛成虎等都先后向清朝投降，清军己经切断了他们与李自成直接汇合南下的路线，因此李过和高一功只好改由陕西汉中入蜀，顺长江东下湖北，在和李自军合兵。
但迭时镇守汉中地区的大顺军贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四将却已变节降清，以武力阻击李过、高一功等部大顺军过境。经过一翻激烈的战斗之后，李过、高一功等部才冲破了贺珍等人的防区，由汉中南下四川太平、东乡、达州、夔州等处，然后顺江东下，而抵达湖广荆州地区的时间，己是下半年的事了。
因此现在到达湖广的，只有大顺军的东路军。不过虽然在一路遭遇到了清军的猛烈追击，但这时李自戍还有从西安、河南带来的大顺军还有十三万余人马，而原先在部署湖广地区襄阳、承天、德安、荆州四府的兵员还有七万余众，也被李自成调集随营，合计约有近二十万。另外大顺军的主要人员刘宗敏、田见秀、刘芳亮、牛金星、宋献策等人都还在，而且大顺军在湖广四府经营了近两年，统治基础也比较稳固，可以说大顺军仍有当然强大的力量。
不过湖广四府的地域狭小，回旋余地不大，而且在背后还有明军，不能做为抵抗清军的基础，因此李自成和众将商议，决定抢在清军南下之前，先夺取南京为根本，然后再抵抗清军。并派田见秀为先锋，从沔阳州的沙湖一带渡过长江，并在荆河口击败左良玉部将马进忠、王允成部，攻占了武昌府，而这一战也是导致左良玉出兵东犯的直接原因。
但阿济格的大军也己经赶到湖广，直扑襄阳。因为这时李自成把所有的人马都集中在长江沿岸，准备进攻南京，襄阳一带的防守十分空虚，被清军一举攻占了襄阳府和荆州府，李自成急派刘宗敏领军在德安府迎击清军，但又被清军击败，徳安府也告失守。
这时大顺军在湖广的四府己失其三，现在仅有承天、武昌二府之地。李自成也左右为难，因为清军来得太快了，有南京还有明军保卫，如果继续率军东下，承天、武昌也难保全，一时又难以取下南京，这么一来大军既无地方提供后