哲布尊丹巴宣布取消自治，但是少数顽固分子还负隅顽抗，他们在科布多、唐努乌梁海等地搞叛乱。
对付这种人，国家党人可从来不手软。安蒙军随即进驻了红城军营，并在里面建造了刑场和牢房，并且发动民众，检举分裂主义分子。一大批参与独立的上层王公们被剥夺了家产并投入监狱，首恶者更被处以极刑。在随后近三个月的时间内，光是以叛国罪处决的，连带抄家、入狱、流放处罚的有五六千人之多。杭达多尔济之类的首恶自然难逃一死，车林齐密和三音诺颜汗等人因为最后一刻幡然醒悟，得到了轻判。不过，死罪可免，活罪难逃，他们分别被判入狱三十年和罚没九成的财产。
对于这些被处决的罪犯，哲布尊丹巴还给他们做了超度的法事，。不过，说辞却是他们今生做了恶人，就要下地狱接受惩罚，希望他们来世做个好人。由此，给这些分裂分子盖棺定论，你们都是恶人。活佛都这么说了，那还能有错？于是，大部分蒙古人心中都种下了这颗种子搞分裂的都是恶人，死了是要下地狱的。
随后，在安蒙军司令部的主导下，对蒙古进行进一步的改革。首先是废除政教合一制度，实行政教分离和宗教信仰自由。对参加叛乱的寺庙的土地、耕畜等生产资料一律没收，对没有参加叛乱的寺庙的生产资料实行赎买政策。一方面，明令规定切实保护宗教信仰自由和爱国守法的寺庙，保护人民有当僧尼的自由和僧尼还俗的自由，保护正常的宗教活动不受干涉，保护有历史意义的寺庙和文物古迹。另一方面，实行“政治统一，信教自由，政教分离”的方针，废除寺庙在经济、政治上的一切封建特权，废除寺庙的封建占有、封建剥削、人身奴役以及寺庙内部的封建管理和等级制度，保障各教派在政治上一律平等。
其次是废除封建农奴主的土地所有制，实行土地改革，废除封建农奴主的土地所有制，使农奴和奴隶成为土地的主人。对参加叛乱的农奴主的土地和其他生产资料一律没收，分配给农奴和奴隶，在农村对于参加叛乱领主的土地实行“谁种谁收”的政策，在牧区，对于参加叛乱牧主的牲畜，由原放牧的牧民放牧，收入归放牧的牧民所有；对未参加叛乱的农奴主的土地和其他生产资料由国家出钱赎买后，分配给农奴和奴隶。在农村实行三七五减租。在牧区对于未参加叛乱牧主的牲畜，仍归牧主所有，但减少牧主的剥削，增加牧民收入。同时，解放家奴，废除人身依附。
由于这些政策、办法和措施，是根据实际情况制定的，因而得到了各阶层人民，首先是贫困农奴和奴隶的欢迎，也争取了更多的上层人士的理解和合作，保证了外蒙改革顺利进行。
第三部是建立爱国统一政权，在外蒙成立爱国统一大呼拉尔，成员实行三三制，即蒙古王公贵族占三分之一、汉蒙平民百姓代表占三分之一、中央官员占三分之一。哲布尊丹巴则宣布从此以后只潜心佛学研究，不再过问世俗的事情。
肖文龙并没有现金赎买那些王公们的土地，这些能花不能赚的王公们要是一下子有了一大笔钱，没几天就能花光了。所以，肖文龙用来购买王公的土地全部是用华商公司的股票来与那些王公们进行置换。
那些王公们一开始都不愿意接受赎买的政策，毕竟几千年来土地即财富的观念根深蒂固，没有高额的受益，谁愿意把祖祖辈辈世代相传的土地换成一堆十五年债权的花纸？所以，一开始的置换工作并不是很顺利。于是通过李默涵的统筹安排，肖文龙安排那些王公们轮班到山东、河南参观。然后，又把哲布尊丹巴抬了出来，由他带头将一部分庙产换成了股票。有了活佛带头，外蒙改革总算是得以顺利进行。
人心稳定之后，李默涵便展开他的抱负，为了争取蒙人的信心，李默涵命令在外蒙经商的山西人要和蒙人诚实交易。那时外蒙的贸易，多是掌握在山西人手中，山西人常利用赊账方式来引诱蒙人，就是不要现款交易而把他们喜欢的东西先买去，规定一个时间归还，蒙古人因为可以不用现款即可取到其喜欢的东西，于是需要的也买，不需要的也买，山西商人因此生意鼎盛。
蒙人交易都是用羊代替货币，如果价格议定了是100头羊，到了年底偿还期届山西商人就到蒙人那里去牵走140头羊，蒙古人问为什么要多牵走40头羊呢？山西商人说：“羊是要生小羊呀！当时的100头羊，现在多生40头不是很公道吗？”
蒙人老实，一想也有道理，就给他们牵去，其实这是不合理的，一百头羊需要喂养，不到一年就要增加40头羊的利息，实在是欺负蒙古人。李默涵勒令山西商人不许如此盘剥，又令蒙人不得赊欠，免负重利，即使赊欠，也不许到付账时支付或索取额外的羊只。
同时，李默涵还把华商银行开到了外蒙，总经理是李祖法。并且李默涵还派出农牧专家到外蒙指导牧民在可以种菜的地方种植天津大白菜。在此以前，外蒙根本没有蔬菜吃。为了开发外蒙地下资源，他并特从德国聘来一位化学教授巴尔台从事长期的调查，以拟就开发计划。