与小茂和小蓝分离后,小修把这些神奇宝贝分给大家,让大家自己选择要那些神奇宝贝做他们的伙伴,然后小黄拿走了一只菊石兽,并取名菊石,然后小刚拿走了一只化石盔和菊石兽,小霞拿走了一只多刺菊石兽和镰刀盔,塞蕾娜也拿走了一只化石盔,小修希望小智能收下化石翼龙,不过小智一开始是拒绝的,毕竟它差点就要吃掉塞蕾娜,但小修说这样他以后有的是时间可以报复化石翼龙,于是他也就欣然接受了,最后小修自己留下了一只镰刀盔和多刺菊石兽。然后一行人又继续旅行。
在旅行的过程中,塞雷娜的皮丘不小心被苹果噎住,大家带它到一家医院里,遇到了杜医生,在杜医生的治疗下,皮丘被治好了,就在这时,神奇宝贝中心紧急来电,要求杜医生所在的医院接受一些受伤的神奇宝贝,杜医生只得临危受命,然后委托塞蕾娜他们帮忙,最终一伙人留下来帮忙治疗。小修和小黄的常磐之力负责治愈有严重外伤的神奇宝贝,其他一伙人给其他的神奇宝贝进行治疗,然后火箭队的神奇宝贝也来接受治疗,他们的神奇宝贝治疗好后他们想抓住这里的神奇宝贝,但阿柏蛇它们不肯,然后他们又一次空手;然后一行人在继续旅行的途中,发现了小次郎的寻人启事,被小次郎家的管家带走,然后得知小次郎为何抛弃原有的生活,要离家出走的原因,大家想帮忙,但无奈只能一旁观看,最后小次郎终于逃离了出来,并且带上了他的卡蒂狗小卡;一行人在旅行中被一只大葱鸭骗走了所有的精灵球,同时火箭队的神奇宝贝也被骗走了,大家一起去找那个骗子算账,最终骗子被抓,小霞的神奇宝贝也拿回来了;一行人在继续旅行中,发现小智在大傻谷捡到的那枚蛋要孵化了,大家开始为争夺这枚蛋的归属是谁的问题展开了争夺,最后蛋孵化出了一只波克比,而这只波克比并没有像原著中那样选择了小霞,而是选择了塞蕾娜;然后一行人在旅行中发现妙蛙种子有要进化的征兆,然后大家发现了不可思议花园,但小智的妙蛙种子拒绝进化,惹恼了妙蛙草和妙蛙花,之后火箭队又跑出来捣乱,小智的妙蛙种子在这个时候学会了阳光烈焰,而且因为之前的特训,并没有蓄力太久,一下子就发射出去,最终赢得了妙蛙花长老的谅解;后来一行人来到了玩偶镇,这个时候正在举办娃娃节,塞蕾娜和小黄一听说在这个时候女孩子买任何东西都可以打折,马上展开了疯狂的购物,可苦了他们这些男孩子了,为了免受灾难,小修和小蜻合体,变成了紫罗兰,小智照搬其方法,和大嘴蛙合体,变成了小慧,不得不说,小慧的杀伤力真惊人,一下子就迷倒了所有的男性和女性,所有的店铺都给小慧免费,大家也因此买了更多的东西,导致小刚他不得不拿出他的神奇宝贝出来帮忙拿了。然后玩偶镇举办了一场神奇宝贝娃娃女王的比赛,一行人中也就小霞参加了比赛,因为他们家虽然有很多的娃娃,但基本上都是她姐姐的,她自己的一个也没有,塞蕾娜和小黄对女儿节娃娃并不感兴趣,也就没有参加。最终,小霞用自己的神奇宝贝闯入了决赛,武藏也打到了决赛,而打到最后,小霞的神奇宝贝前三只都败给了武藏的大舌头,最后还是可达鸭力挽狂然,打败了大舌头,让小霞成为了冠军;一行人继续旅行,路过一家育幼院,大家放出自己的神奇宝贝跟孩子们玩耍,一位名叫阿勉的孩子希望可以和喵喵玩耍,最终大家开始寻找那只喵喵,最终找到了;后来一行人走在森林的路上,发现了一座警犬卡蒂狗训练所,小智他们参加了训练,和原著完全不一样,分分钟完美过关,之后火箭队用气体把大家的声音都改变了,还让卡蒂狗的鼻子失灵,企图以假乱真,还命令卡蒂狗们攻击君莎与小智等人,但最终卡蒂狗与君莎小姐的羁绊起了作用,卡蒂狗们没有上当,还赶跑了火箭队;然后一行人又继续旅行,遇到了天才摄影师阿彻,他想给皮卡丘和小蜻拍照,小蜻自然接受,但皮卡丘有些不习惯按快门的声音,所以是拒绝的,而阿彻非常执着,一定要给皮卡丘拍照,最后得知火箭队欺骗了他,同时他们还跑出来要对付小智他们,但还是被打飞了。
之后一行人与阿彻一起旅行,阿彻说有一种名叫神奇宝贝鉴定考的考试,问小智要不要考试,小修替小智答应了下来,因为他想知道他交给小智的理论小智记住了多少,同时小黄也想参加,因为她想知道自己的理论基础有多高,小修也选择了参加。
在鉴定考场,小修他们在拿自己的号码牌。
“好耶!幸运7!真lucky!”小智说。
“我还好啦,18。”小修说。
“我是14。”小黄说。
“好了,请你们把精灵球交给我保管吧。”监考员说。
“这是为什么?”小智和小黄不解的问。
“因为在参加神奇宝贝鉴定考的时候,是不需要使用自己的神奇宝贝的。”小修解释说。
“这样啊,我知道了。”小智把除了皮卡丘以外的神奇宝贝都交了出去,皮卡丘暂时有塞蕾娜保管,小黄和小修也是全交了出去,但小蜻主动跑了出来,走到了塞蕾娜的身后。
考试开始了,小智很流利