小修一行人离开野生原野区后，往阳光镇的方向前行，途径经过一个只能让单车通过的大桥，并且一行人还遇到了一个乔伊小姐，因为人手不够被委托送药，于是大家骑上小霞给他们购买的自行车出发，在路上，遇到了一群单车飙车族，被要求对战，但小智他们现在的实力岂是原著中的那样，无论是什么神奇宝贝，都是一招秒杀，毫无悬念，然后火箭队再次登场，不过小修他们觉得他们就是来揭穿他们自己的黑历史的，正当他们想把他们打飞的时候，君莎小姐在此时出现，帮她们解决了一项麻烦，然后君莎小姐没离开多久，就突然来了一场暴风雨，大家不得不冒着大雨出发，才怪！有波导之力在还会淋雨？而且虽然距离很远，但对于小修而言只是要稍微累一点用超能之力就行了，之前骑单车只是想体验一下骑单车的感觉，现在下雨了，就得赶时间了。很快，在小修的超能之力的帮助下。众人抵达阳光镇的神奇宝贝中心，把药及时送给那只生病的神奇宝贝，然后众人便离开了；之后众人在赶路的时候突然又下起了一场大雨，虽然有小智和小修的波导之力不会淋湿，但长久下去不是办法，于是众人最终躲到了一座有些阴森的小屋里，然后伊美蒂就让她的百变怪不断地变化以此吓唬小智他们，但被吓到的也就只有塞蕾娜他们，小智他们完全没被吓到，小修还指出这是一只模仿不当的百变怪，然后小智一行人试图帮助那只百变怪，让它可以模仿成功，但全部失败，就在这时，火箭队突然把百变怪抢走，但在找到百变怪他们的时候，众人还演了一场火箭对模仿秀，被火箭对他们狠狠吐槽了一遍，不过伊美蒂看到在火箭队的帮助下，她的百变怪终于可以完美模仿了，非常高兴，就在这时，小修趁机把百变怪和伊美蒂传送到他们的身边，然后皮卡丘和小蜻把他们再次打飞；之后一行人来到了一座森林，就在这时，一只野生的皮卡丘突然在注意着他们，于是皮卡丘和秋秋决定前往森林内部一探究竟，结果发现这里竟然全是皮卡丘和皮丘！（虽然原著里只有皮卡丘，但如果没有皮丘的话哪来的皮卡丘？）一开始这里的皮卡丘和皮丘都有些害怕皮卡丘和秋秋，但很快它们就接受了，皮卡丘和秋秋很快就与它们打成一片，而且在小黄的常磐之力的影响下，这些皮卡丘很快适应了人类，在晚上，火箭队突然抓住了这些皮卡丘和皮丘，但才刚抓住不久，就被皮卡丘和秋秋打飞，然后塞蕾娜收服了一只皮丘，一行人就这样离开；小修等人在旅途中遇到了一只伊布，看它周围又被有水与食物的盘子，而且还被人用绳子绑在树干上，怎么看都像是被抛弃的，可它脖子上绑的金属牌却又让大家困惑不已，于是众人决定前往金属牌上的地址，来到了史顿镇的一座豪宅，里面正在举办神奇宝贝游园会，众人也在里面找到了伊布的训练家太一，得知太一的苦恼后，小修向众人介绍伊布的其它种类的进化型，并且还画了其他进化型的图，就在这时，火箭队又跑出来捣乱，吃起了食物，很快就被小修他们又一次打飞，最终在小修的解说下，太一决定让伊布自己选择，伊布决定进化成草精灵，于是小修向他们说明上哪可以让伊布进化成草精灵，然后一行人又踏上旅途；之后一行人来到了一座城镇，想吃点东西，但这里突然闹旱灾，没有食物来源，于是众人到上游一看，发现是被一大群荆棘给堵住了河道，导致上游的水无法往下流，众人用尽办法，都无法根除，于是决定叫醒那只沉睡的卡比兽，最终在神秘老爷爷的帮助下，卡比兽被叫醒，吃光了荆棘，于是众人继续赶路。
最终，一行人来到了黑暗市。
“说起来很久以前我就想知道了，为什么会有座城市叫黑暗市？”小黄说。
“是啊，我也想知道。”小智说。
“我也是。”塞蕾娜跟着说。
“等到了你们就知道了。”小修说。
抵达黑暗市后，明白这里为何叫黑暗市了，乌云盖顶的天空，歪歪斜斜的大门，一眼看去，哪像城镇？说是战争后残留的废墟还差不多。
“这城市是怎么回事？该不会是闹鬼吧？”小霞有些害怕的说。
“真的！这里看起来这么阴森，不会真的有鬼吧？”塞蕾娜也害怕得发抖的说。
“不是啦，这里没有闹鬼，只是有些破败罢了。”小修有超能之力，在幽灵系上的感知比小智要敏锐得多，听到他说这话，两女也就放心了。（说到这大家一定会很好奇为什么小黄不怕鬼？因为在小黄眼里所谓的鬼只是一群幽灵系神奇宝贝的恶作剧，根本没啥好怕的。）
“也就是说，这些建筑都是人为破坏的。”看到周遭破破烂烂的建筑，小刚不禁沉思。
“小心！”*2
小智和小修突然齐齐喊道，小修左手一抬，便开启了一个绿色的防护罩，挡下了几个乒乓球大小的小石子。
“喂！你们为什么要攻击我们！”小智生气地朝一处屋顶喊道，然后一群小孩走了出来，看来刚才丢石头的人就是他们。
“因为你们是神奇宝贝训练家！”“只要是神奇宝贝训练家，就是坏人！”“没错！训练家什么的最讨厌了！”这三