按照海军提交的作战计划，收复鸡笼大约需要十天左右的时间，伤亡预计在三十人左右，可能会出现战舰遭遇炮击等情况，但是因为权六神父和切支丹们的出现，战争仅仅持续了三天，只有四个人受伤，损失几乎不值一提。
与微末的损失形成鲜明对比的是收获，李明勋在权六的陪同下游览了整个圣萨尔瓦多城，军需官清点之后，一共缴获了一万五千两白银左右的西班牙银币，但是城堡的仓库之中储存着大量的货物，其中不少是来明国商人手中收购的生丝、瓷器等贵重物品，但是真正占大头的是鹿皮和硫磺。
这些货物价值超过了四十万两，其中鹿皮的占据了三分之二之多，按照权六神父的说法，这批价值不菲的鹿皮、硫磺和金沙大多来自于多明我教会对附近村社土著的剥削和供奉，大部分用于走私贸易，不光是图拉等驻扎在台北的神父，就连菲律宾的主教都牵扯其中，而走私的对象竟然是荷兰人，在台北周边，只有拥有日本市场的荷兰人才能吃下如此多的鹿皮和硫磺。
李明勋听了这些消息，颇为有些无奈，这就是教会在西班牙殖民地的力量，事实上，在菲律宾都督区，天主教五大教会是菲律宾最大的地主，掌握着菲律宾百万教徒中的大部分，那些土著教徒大多成为了教会的农奴。
天主教会就是矛盾，在传教的时候，传教士甘冒生命危险，前往猎头土著的村社调节矛盾，不少人送命，但是当他们的宗教传播开来，传教士们又会成为最大剥削者，最残暴的统治阶层。
战后的第二天，所有的西班牙人，包括神父在内都被送往了大本营，在菲律宾都督区的赎金到来之前，他们会在奴隶营中渡过一段时间，其中大部分人永远不会出来了，而圣萨尔瓦多城中俘虏的土著奴隶，无论是来自菲律宾还是台湾，全部送到台北的奴隶营。
唯一得到优待的就是活下来的二十二个切支丹武士，他们被编列进了开拓营，享受与开拓营军官一样的薪饷待遇，当他们战死、伤退或者完成五年的服役，就会在台北获得一片属于自己的土地。
同一时间向海军投降的还有港内的涧内社区，这里有大约二百来人，多是来自福建、浙江做生意的华人。
鸡笼被改名为基隆港，圣萨尔瓦多城以基隆要塞命名，最终被简单改造为了海军主力舰队的司令部，整个港口也被列为了军港，正是成为海军主要舰队的驻扎地，当然，龟缩在社寮岛的西班牙式建筑不能满足日益扩大的海军的需求，所以大量的设施也在海军经费的支持下开始筹划建立。
返回淡水堡的李明勋接到了台北行政长官以台北地方会议起草的一份关于台北地区原住民处分》的工作报告。
按照元老院的规划，台北行政长官区被划定在头前溪以北的地区，包含台北盆地、基隆一带和宜兰平原，当然还有中央山脉的大片区域。在这片区域内分部着大量的土著村社，还分化为了七八个民族，生番和平埔熟番都有，非常复杂。
而在工作报告之中，阿海没有按照民族区分，而是按照区域把所有村社分为了三部分，处分方式也不同，第一部分就是台北盆地和宜兰平原上的土著，这是社团开拓的重点，开拓出来的土地将来也要安置移民，所以这部分土地要完全掌握在社团之中，两大平原地区的村社必须接受社团的编户齐民和集中安置，简单的说，散落的村社必须集中到几个区域，把已经开拓出来的熟地出让给社团，让社团的种植园经济快速投产，而这些村社必须按时缴税出徭役，凡是不接受的村社都会被视为敌人，受到攻伐。
而山中的生番则完全没有这个机会，直接派遣开拓营讨伐，抓捕奴隶，占领土地，所有人力都会支援金瓜石金矿的开发。
第三类村社只有九个，五个是前期已经归顺社团的，而四个则属于西班牙控制的村社，有权六神父在，这些村社已经完全接受了社团的统治，社团也愿意给他们相对独立的位置。
之所以这些村社能得到特殊的待遇，并非是阿海仁慈，也不是屈服于宗教的力量，而是在长久的奴隶使用中，阿海已经发现，奴隶并不是能胜任所有工作，诸如修筑堤坝、挖掘矿山、种植园劳作，在看守的监督组织下，奴隶皆是可以做好，区别只是在效率上，而采伐树木、猎鹿等工作则是奴隶营不能胜任的，原因很简单，这类工作要在很大范围上活动，很多奴隶会逃脱，但是类似工作的出产又是社团必须的。
在日本市场上，鹿皮是除了生丝之外，社团最大的利润点，收益率也远远高于其他商品，而采伐的树木也是社团重要的财政来源，采伐的树木中诸如柚木、桧木等品质上乘的材料会用于造船，而台湾可不只是出产这些木材，位于亚热带地区的台湾加上中央山脉的高度差，让这里的热带、温带木材都具备，特别是制造家具的高级木材，例如楠木、枫木、樟木非常丰富，这些木材伐倒了，顺着河流运送下来，就会被来自大明的商人采购一空，而在大本营，已经开始分类划片，对采伐权进行承包，让两广的商人前来投标，自己雇人采伐，只需要交税和承包费用，社团不用花一分钱，