女主雷普莉被关在飞船下层的一间牢房里，这是一个隐秘的所在，一般人不会来这里，同时，这里也被这艘飞船的最高长官列为禁地，禁止任何人靠近，但是，一伙外来者中的一个女人打破了这个禁令。
这群外来者正是运送启明他们上飞船的走私者，这伙人大部分并不知道他们所运送的到底是什么，只有他们的头儿才知道真相。
而打破飞船禁令，进入禁地探视女主的这个女人，则是潜伏在运送小队中的一个模拟仿真机器人，与普通的机器人不同，这个机器人初制造出来时，就抱着一种圣母一般悲天悯人的情怀，而它上船的目的竟然是为了阻止人类对异形的研究，以防止人类自我毁灭。
机器人与女主经过一番交流，得知了女主的真正身份只不过是二百年前已经死去的雷普莉的克隆体，不知道为什么，虽然是克隆体，但女主却拥有雷普莉生前的记忆，因此，这个克隆体可以算作是雷普莉的转世。而且，在第三部中真正的雷普莉是由于被异形寄生后跳入岩浆而死的。
因此，研究人员在获取她的基因时，不可避免的在其中混入了异形的基因，也可以说是在获取异形的基因时，混合了她的基因。正是通过这种人类与异形混合的基因，培养出了她这个半人半异形的存在，虽然外表是人类，但无论力量还是速度都远超人类，而且她的血液与异形一样，具有极强的腐蚀性。
机器人由于在未经许可的情况下闯入禁地，被认为是恐怖分子，而她的同伙，那群运送中洲队上船的走么者也被认为是同犯，将要遭到逮捕。
但是，这伙人可不是什么良善之辈，他们本就是一伙太空走私团伙，几乎每时每刻都在与死神打交道，因此，每个人都是一把好手，精通各种知识和枪械的使用，拥有不俗的实力。在被逮捕的过程中，这伙人反而杀死了逮捕他们的士兵。
而几乎是在同一时间，被关在储藏室的异形们，杀死了他们中的一只，利用它的血液将储藏室的地面腐蚀，进而逃脱，整艘飞船也因此陷入混乱当中。
但是，这仅仅只是原著中的情节，原著之中，储藏室不大，异形总共也没几只，但是现实的情况是，整艘飞船有不下于十个储藏室，每个储藏室中都装有不下于数百只异形，而他们的皇后则被另外关押在一个封闭的巨大牢笼中。
可以说，整个异形脱牢事件都是由皇后在前后操控着，异形之前通过某种人类无法听到超声波进行交流，这种声波穿透性极强，而且能够传播得非常之远，而女主雷普莉的克隆体（以后简称雷普莉）则由于体内存在着异形的基因，能够听到这个声音，因此知道发生的一切。
现在，距离异形脱牢已经过去了一段时间，飞船上的人终于意识到发生了什么，开始了没命的逃亡，而异形的狙杀盛宴也开始了。
电影之中，雷普莉和那群走私团伙是作为主角的存在，因此在前期虽然遭遇危机，但损失并不大，但现在并不是电影，由于主神改变了剧情，一切都在向着未知的方向发展着。
此时，雷普莉已经与走私团伙相遇，但是两方刚一见面，就被一小股异形发现了踪影，这个时代的武器虽然可以对这些异形造成一定的伤害，但这些被主神大大强化的异形速度实在太快了，子弹根本打不到他们，一行人被几只恐怖的怪物追得上天无路，入地无门。
现在，他们正被异形围堵在一间狭小的仓室之中，门外，数只异形正疯狂的用身体撞击着隔离门，不过几次撞击，门就被撞得凹陷进去，眼看就要被异形撞破。
“砰！砰！砰！”一连串的撞击声仿佛直接撞击在众人心头，就连拥有超人能力的女主雷普莉也变得紧张之极。
之前，她已经与异形交过手，而她那齐根断掉的左臂就是那次战斗唯一的收获。
就在众人以为死神即将降临时，突然，猛烈的撞击声戛然而止，几人相互对视了一眼，不安的向门口看去。
下一秒，他们仿佛看到了什么东西从门上划过，好像是一道白光，但又好像不是。
随后，合金制成的隔离门竟然化作数块大小不一的碎片，散落在地上，断口仿佛镜面一般，平滑得惊人。
“什么人？！谁在那？”由于门外光线昏暗，众人无法看清门外的具体情况，只能勉强看到一高一矮两道人影。
“几位是用这样的态度对待自己的救命恩人的吗？”
一个男人的声音从门外传来，接着就见一个亚洲青年从门口走了进来，让人惊讶的是，这个青年身后竟然还跟着一个十六七岁的小女孩儿。
这样的组合，让主角一行人无比诧异。
“救命恩人，小子，你是在说你吗？”
众人中，一个外表狰狞白种男人仿佛听到了什么好听的笑话，讽刺道。
“闭嘴！强纳！”
一个皮肤白皙，短发，长相秀气的女人开口道。
启明一眼就认出了这个女人的身份，她就是楚轩势在必得的目标，人工智能机器人。见到目标都在，启明松了一口气