药师兜的记忆出乎意料的多，里面还参杂着一些其他人的记忆山中远费了很大的功夫才找到了和黑袍人相关的东西。
从药师兜的记忆中山中远得知了黑袍人叫大筒木柳式，来忍界的目的和原著中出现的那两个大筒木族人一样，是神树果实。
不同的是，大筒木柳式因为不想引起六道仙人兄弟的注意没有选择对尾兽下手，而是把目标放在了辉夜姬空间里培养白绝的神树树枝上。
而两人结盟的原因则是因为药师兜秽土转生出了二代火影，在二代火影的帮助下，能找到辉夜姬留下的空间。
而且在结盟期间大筒木柳式已经在药师兜的帮助下，将一个空间里的神树树枝提炼成了一颗果实。
得到了大筒木柳式的情报以后，山中远继续探寻为什么药师兜会离开木叶。
经过多番寻找山中远在药师兜的脑海深处找到一份被他下意识封存的记忆。
山中远打开这份记忆知道了药师野乃宇死亡的真相。
药师野乃宇原本是根部的一名忍者，擅长情报搜集和医疗忍术，在山中远将团藏杀死以后，药师野乃宇也恢复了自由。
对此药师野乃宇十分高兴，在药师兜的记忆中就能看出那段时间的药师野乃宇脸上一直挂着笑容。
可惜好景不长，团藏虽然死了，但继承了团藏偏激思想的根部成员还在。
当初山中远因为这些人中很大一部分都是各大家族的成员，所以没有斩草除根，而是让他们回到了自己的家族。
正是这些人中的一部分，聚集起来，利用他们的家族给孤儿院施压，想要继续控制药师野乃宇为他们搜集情报。
药师野乃宇为了孤儿院选择了妥协，此后她一直往返于木叶和各个大国之间，直到中忍考试的时候。
中忍考试岩忍村引爆了隐藏在木叶的起爆符，炸毁了木叶大量的建筑，其中就包括根部残党存放收集情报的地方。
根部残党在很长一段时间都陷入了疯狂，大约一年以后，药师野乃宇归来带回了新的情报。
在看到情报的以后，根部残党又回想起了自己的心血被毁，于是他们把所有的怒气都发泄在药师野乃宇身上。
一伙人对药师野乃宇恶言相向，可他们并不知道这一切都被药师兜看在了眼里。
在药师兜眼中，药师野乃宇就像他的母亲一样，从小照顾他长大，教他医疗忍术。
看到药师野乃宇被人如此辱骂，药师兜彻底爆发了，他悄悄从暗中走出来，凝聚出查克拉手术，想杀掉这些人。
药师兜出手突然，根部的残党来不及躲闪，只能提起药师野乃宇挡在自己前面。
就这样，药师兜的查克拉手术刀刺中了药师野乃宇，药师兜的情绪瞬间崩溃，开始不顾一切的冲向这些根部残党。
可惜的是根部忍者都是精英，药师兜根本不是他们的对手，不过药师野乃宇已经“死了”根部残党也不敢在木叶惹出太大的麻烦，因此他们没有多和药师兜纠缠很快就离开了。
临离开前，根部残党清理了当晚他们行动的痕迹，这也是为什么后来纲手调查药师野乃宇死亡的时候找不到一点线索的原因。
绝望的药师兜本想带药师野乃宇的“尸体”回到孤儿院，可让他没想到的是，药师野乃宇当时还有一息尚存。
等根部残党走后，药师野乃宇提着最后一口气交给了药师兜两个卷轴，并告诫药师兜不要管她马上离开木叶。
药师兜不明白为什么药师野乃宇要让他离开木叶，但这是野乃宇的遗命，药师兜选择了乖乖听话，趁着夜色离开木叶。
从木叶出来以后，药师兜打开这两个卷轴，一个是秽土转生，一个是一封写给大蛇丸的信。
看到大蛇丸的名字以后，药师兜当即决定前往音忍村，经过几天的跋涉后，药师兜在山中远刚开始融合辉夜姬查克拉的时候到达了音忍村，把信交给了大蛇丸。
大蛇丸老过信后叹了口气，给了药师兜龙地洞的通灵契约，并提出让药师兜就在音忍村。
药师兜毫不犹豫的拒绝了，他想给药师野乃宇报仇，不可能留在音忍村。
大蛇丸也没有多说什么，只是告诉药师兜，他手中的另一份卷轴可能能帮他达成心愿。
之后药师兜就开始研究秽土转生，四处寻找强者们的尸体。有一次在寻找尸体的时候，药师兜遇到了危险，情急之下他通灵出了龙地洞的蛇帮忙。
正是这次通灵，让白蛇仙人注意到了药师兜，他用逆向通灵之术把药师兜召唤到了龙地洞，传授药师兜仙术。
而药师兜也没有辜负白蛇仙人的期望，很快掌握的仙人模式。
学会仙人模式以后，药师兜潜入木叶，调查那些利用暂时药师野乃宇的人，最终药师兜得知这些人都是曾经根部的成员。
有关根的事情当年在木叶闹的沸沸扬扬，药师兜自然也是知道的，他知道是山中远铲除了根部。
所以药师兜恨山中远，