真如寺，始建于唐宪宗元和年间。当时有位道容禅师与司马头陀同游云居山，登上山顶时，见这里地平如掌，湖澄如境，四周龙珠峰、袈裟峰、钵盂峰、象王峰环列如屏障，就在这里开基建寺－－云居禅院。道容禅师建寺后，与弟子全庆、全诲等相继居住约七十年之久。唐僖宗中和三年，曹洞宗二祖道膺禅师来主此山，僧众云集一千五百余人，唐僖宗赐额“龙昌禅院”。
道膺禅师，是佛教禅宗五宗之一曹洞宗洞山法系的传人。禅宗从初祖菩提达摩创建后，传到六祖惠能时分南宗惠能，北宗神秀，其后又分化为沩仰宗、临济宗、曹洞宗、云门宗、法眼宗五个派别。曹洞宗由良价和本寂分别在江西洞山和曹山创立，主要是宣传理事不二、体用无碍的思想，“家风细密，言行相应，随机利物，就语接人”。而曹山这一法系四传后就断绝了，只靠洞山法系道膺禅师一脉在云居山真如寺弘法，使之得以绵延流传下来。
从这个意义上说，真如寺是曹洞宗的源地。禅宗五宗中，沩仰、云门、法眼三宗在宋朝以后都失传了，只有临济和曹洞二家保存下来。由此也可看到云居山真如寺在佛教史上的地位，道膺禅师住持龙昌禅院三十年，圆寂后弘觉禅师。在五代至宋这段时间里，先后有道简、道昌、怀岳、怀满、德缘、智深住持，仍提倡曹洞宗。北宋大中祥符年间，宋真宗敕改名为“真如禅寺”，一直沿习至今。
当时这虚云老和尚一听到这山峰的名字就觉得这个山的名字与他有源，因为他号虚云嘛云居两个字，虚空的云要找个住的地方，这个云彩居住的地方，这正合了那云居两字，再说老和尚最早就是接耀成法脉，列曹洞第四十七世祖，那云居山为曹洞宗祖庭，他当然要去看一看，在一九五三年当时已经一百一十四岁的虚云老和尚，谢绝了中央政府到北京安度晚年的邀请，也谢绝了庐山大林寺，南华禅寺等各大名刹的邀请，在弟子佛源、觉民等禅师的陪同下，步行到达云居山。
当目睹昔日禅风远播的佛教圣地，仅剩下三间茅草屋，佛像也被掩盖在荒草丛中时，发大愿要重修祖师道场，自此老和尚开始了在云居山的修行，并在这里度过了自己人生中最后的时光，于是在虚云老和尚的影响之下，这海内外各地的信众纷纷慷慨解囊，捐献钱物，有大量的佛门弟子前往云居山帮助住重修云居山，没过多久闻讯赶到云居山的僧人已达百人。
而且在多方的捐助之下，这钱财已经齐备，那虚云老和尚就开始做了安排，这虚云老和尚为了防止这云门事变的事情重演，为有心人留下口实，就根据个人特长不同，将僧众分为两队，一队人负责开挖基础、建设殿宇，另一队人开垦荒田、种植水稻、茶树等作物，自己养活僧众，自食其力，不让某些人找到任何的借口。
在修建寺庙之时，这虚云老和尚带领僧众自己在山间开辟砖窑烧制砖石，在将这些砖石烧制好之后，开始在上面加持佛法，并用于修建这大雄宝殿、天王殿、禅堂等建筑，而用大块的青砖铺设整个路面，同时因为山上无法炼制铁瓦，于是下山找人特意定制生铁铸造的铁瓦，然后用人力挑上山来，同样在加持佛法之后，铺设在殿宇之上。
就这样虚云老和尚带领僧众一边修建寺庙，一边垦土地，以自己种植的农作物养活自己，逐渐将这真如禅寺修葺起来，到一九五六年的时候，这云居山真如禅寺已经修建好了大部了，这年的七月二十九日，正是虚云老和尚一百一十七岁寿辰，就在这天，虚云老和尚决定开办云居山佛教研究院以培养僧才。
而在当时适逢一川中僧人来到当地，慕名上云居山参礼。虚云和尚见他文武双全是个人才，同意收为弟子。赐号宣明。传给禅宗心法。并礼请他为云居山佛学研究院主讲法师，而这一位僧人就是日后在华夏引起颇多争议的，华夏最有名的武僧之一，海灯法师。
而当年在虚云老和尚所开办的云居山佛学研究院中卧虎藏龙，有许多未来的华夏佛门当中的领军人物都在其中随虚云老和尚修行，其中就有在虚云老和尚的主持下，得沩仰、临济法脉的华夏佛教协会前会长，现名誉会长一诚长老，和蒙虚云老和尚授沩仰宗法系第九代传人的华夏佛教协会的现任会长传印法师。
加上虚云老和尚本人又是华夏佛教协会的名誉会长，可以说这这华夏佛教协会共有三任会长都出自云居山，第三任会长赵朴初是该寺居士，而其他的众多弟子，日后也成了各大禅寺的执掌者，可以说这现今华夏佛门的中坚力量都是出自于这虚云老和尚所开办的云居山佛学研究院，一九五六年，真如禅寺的大雄宝殿、天王殿、钟楼、禅堂等相继完工。
而后已经一百一十七岁的虚云和尚开始安排部分禅僧坐长香，每日十二支以上。是年冬，虚云和尚又主持禅七一期，使真如禅寺中断了近百年的禅七苦修得到恢复。也正是由于当年虚云和尚在如此艰苦的条件下，坚持正常的佛事活动，夏有安居、冬启禅七，才为华夏佛教后来的发展树立里榜样。
虚云老和尚他将毕生所悟也带到了云居山，在这里他不仅率众重建了殿堂阁楼，更重要的是恢复了