坏消息一个个传到朝堂，建文帝犹自不能相信燕王区区数百人的卫队竟能掀起如此大的滔天巨浪！这日早朝公议燕王谋反之事，多数大臣纷纷建言应以安抚为主，不然则伤了皇帝与皇叔的亲情，于国于民都不利。其中又以孝闻天下的礼部尚书高巍为代表，从一开始他就主张应用汉武帝时施行的“推恩令”那种温和的方式对待诸王，此刻更是旧话重提，说得建文帝不由心动，频频点头。
齐泰终于忍不住，愤然地道：“名正则言顺，名其为贼，敌乃可克。”黄子澄紧接着道：“燕王早有异志，岂能轻易改变。为今之计应派大军北伐，不然必让其奸计得逞，河北一带亦难保住。”建文帝此时心中五味杂陈，陷入苦思，自继位以来，他就决意以儒家正统思想推行王道文治，欲开一代王道新风，创一朝太平盛世，当一个圣明君主。但自幼长在深宫里的他太过书生气了，非但自己不修武备和谋略，还把军国大权交给黄子澄丶齐泰这样从科举上来的缺乏指挥谋大略和实践经验的书生，任其挑起事端。事已至此他亦知后悔无用，遂下诏削去燕王的封号，决定出师北伐。
下旨令长兴侯耿炳文为征燕大将军，附马都尉李坚，都督宁忠为左右副将，率三十万大军北伐。第二日又在黄子澄丶齐泰丶方孝孺以集中优势兵力的建议下，调安陆侯吴杰丶江阴侯吴高丶都督耿献丶都指挥史盛庸丶潘忠丶杨松丶顾城丶徐凯丶李友丶陈晖丶平安等率偏师数路并进，以为策应。传檄山东丶河南丶山西三省州县，供给军晌丶粮草。
诸事齐备，建文帝在亲送诸将的誓师会上，令人宣读了由方孝孺撰写的讨燕诏书：“邦家不造，骨肉宗亲屡谋潜逆。去岁周庶人僭谋不轨，辞连燕丶齐丶湘三王，朕以棣于亲最近，未忍穷治其事。今仍称兵构乱，图危宗主，获罪天地祖宗。义不容辞，是以简发大兵任致厥罚。咨尔中外臣民军士，客怀忠义，与国同心，扫兹逆氛，永安至治。”并以此檄文遍传全国。
大军将行，建文帝对耿炳文诸将道：“昔肃绎举兵入京，而令其下曰：‘有极兵威，不祥之极。’今尔等众将士与燕王对垒务体此意，毋使朕有杀叔之名。”后世史家对他这话争议最大，兵戈相见，不是鱼死就是网破，势难两全，何伦亲情非要生擒燕王以全名声？建文帝之优柔寡断，迂腐至斯！次日午朝，鉴于北平三司皆沦入燕王治下，建文帝又下旨设置平燕布政司，以刑部尚书暴昭兼任布政司史，驻河北真定，协助耿炳文大军北伐。
而与此同时，燕王正与大宁官军在松亭关对峙。由于燕军直逼长城脚下，已威胁到隔长城而望的大宁，大宁守将都指挥史卜万和都督陈亨及都督佥事刘真等驻营沙河，兵逼遵化。接到守将蒋玉的报告，燕王亲率二万精骑驰援。而卜万他们闻燕王亲至，随即退回松亭关，固守不战。
其实他们的兵力远超燕军，卜万丶陈亨丶刘真各领三四万甲士，且据雄关之险，无论强攻和相持，都对燕王不利。燕军将士无不清楚这一点，又见连续几天官军只守不战，不免有些焦灼烦燥。然而燕王却胸有成竹地对部下道：“不把大宁的官军击溃，终会成为我们的大患。卜万勇而无谋，刘真已老了且能力一般，陈亨则是我的旧部，对我一向忠诚，若不是卜万刘真制约，早就重投过来了。且看本王如何用计破之。”便让卫士把昨晚捉住的两个大宁官军细作探子作了一番巧妙的安排后，“先后”放了回去
。其中一个细作暗自庆幸自己乘看守他的军士“熟睡”，给了自己逃生的机会，急急跑回松亭关，他要到刘真面前揭发另一个探子被燕军收买的事实。原来这两人被分别安置到两个单间，而偷跑出来的这个却凑巧看见另一个被燕军好酒好菜款待并接受对方所赐银两和书信的一幕。就在将要到关之时，无意回头看见那一个叛变的探子也跑了回来，他忙抢先一步到刘真帐中报信。刘真听后即让人拿了涉嫌叛变的探子，果从他身上搜出银两和一封燕王亲手写给卜万的信。
刘真不敢怠慢，忙使人去请陈亨，待其到后一同拆开信封观看。两人见燕王在信中大赞卜万英雄多谋，字里行间流露出钦佩之意，并感谢他故意只守不攻等等。另对陈亨则多加指责贬低。陈亨原为燕王心腹爱将，且家属亲友俱在北平，早已心中向燕，今见燕王如此，便已知其真正用意，便极力撺掇刘真先发制人。于是，卜万被他两人设计擒下，至死都没明白到底是怎么一回事！接下来没什么悬念了，刘真在陈亨燕王的里外夹击下单骑而逃。然而朱棣却没高兴太久，在班师的途中，他就接到了朝廷数路大军伐燕的军情。
但近十倍于己的官军并未让朱棣感到恐惧，反而使他莫名兴奋起来，要来的早晚要来，何须分时间上的早晚。他朱棣是猛虎，真正的兽中之王，为什么去怕一群绵羊，哪怕这群羊有千万只！遂决定拒敌于北平境外，将战火向南推燃。七月底，为了让世人了解他起兵的缘由目的，争取社会舆论的同情，同时也需向天下百姓揭露朝廷的无道丶变更祖法丶屠戮骨肉的种种恶行，以证明自己被迫起兵的正当性，燕王朱棣亲手撰写了在大明全境发布的檄文布告，公开指斥当今皇帝朱允炆。