薛举一开始还准备忍着，等看河西军的架势，准备把两处七万亩田的庄稼准备全部收了，再也忍不住，一面派出军队寻机劫粮，一面让骑兵突袭陇城县；没想到诸葛全让霹雳营把炸药藏在运粮的车队，损失了五万多斤粮食，斩杀三千秦军；五千骑兵在陇城县无功而返，回师途中反被史大千截杀，损失近一半。
薛仁杲又命部将仵士政带三百人诈降，被诸葛全将计就计，引诱薛仁杲再攻陇城县，拿下了仵士政，一场伏击射杀秦军五千人。薛举不敢再让秦军出击，又不甘心眼睁睁地看着粮食被河西军收走，思虑再三，派卫尉郝瑗前往扶风调集五万大军来援。
郝瑗才到陈仓，就得知窦轨、李叔良的大军突然袭占雍县，高墌城以南尽遭唐军攻击，扶风窦家的窦璇出任太守，窦璡出任雍县县令，一时响应者云集，不到十天，扶风郡九县全部易主。河西军因为唐弼占领了汧源县；那是唐弼的老家，杨崇当年曾用铠甲换人命，唐弼到汧源后，联系了许多过去的熟人，还有李弘、向海明的旧部共一万多人，配合尧君素夺取城池。
郝瑗最后只能率领陈仓的五千人回到天水，薛举得到消息，心忧之下突然中风，薛仁杲气急败坏，不顾郝瑗的劝阻，全军出动攻打清水县；攻城三日不下，史大千率两万援军赶到，与索延寿前后夹击，秦军大败。
双方再在野外列阵交战，薛仁杲力大无穷，善于骑射，在军中号称万人敌，肆意单挑，与史大千军前激战百合，被史大千一刀砍落头盔，仓皇逃往自家阵中。索延寿等人趁秦军士气减弱的一刻骁骑冲阵，秦军全线溃败，猛将浑干率两千骑投降河西军，史大千一直追杀到上邽城下。
上邽城中，内史令翟长孙已经抓了郝瑗，决心献城投降；薛仁杲无法进城，回身与河西军激战三个多时辰，终究不支，吐血而亡。翟长孙投降后，共收服秦军三万多人；冀城的薛仁越和秦岭的董阿兴随后率众投降，诸葛全命翟长孙暂代天水郡守，将郝瑗、薛举、薛仁越送往上县，交由杨崇处理。
薛举在押送途中就病死了，杨崇给了薛仁越一个虚职，安排在上县，郝瑗被派到石州担任韩世谔的长史。还在忙碌中，杨侗授官的圣旨传到上县，来传旨的是吏部尚书杨汪；杨汪离开洛阳，王世充才能代行吏部尚书的职责。双喜临门，上县各个衙门口放起一阵阵鞭炮，引得大人围观，小孩子奔跑。
但是元帅府里，杨崇的脸上看不出一丝喜色，不管收复的县还是打下的县都是一团糟，百姓凋零，物资短缺，马贼乱兵到处都是；长川县更是问题，竟然在薛举逃走后，李氏还召集了两千羌人和马贼伏击运输粮队，被留守临洮郡的天鉴指挥霹雳营和河湟义羌营杀得落花流水，若不是李璋亲自出面杀了几个家族的人，天鉴能看着那帮羌人屠城。
张瑾劝说道“越国公，战争期间有些事情是难免的，现在关键的是陇州和雍州后面怎么办”张瑾年岁已高，是不想再四处征战，只是为了家族儿女，选择了杨崇的阵营，这次来上县，就是主动要求杨崇派人去弘化接手雍州刺史。
屈突通去了洛阳，杨綝不想张扬，杨崇为此与元威等人商量了好几天，闻言端出商量的结果“天水郡与陇州合并为秦州，长史诸葛全兼秦州刺史。杜淹为雍州刺史，谢映登为秦州指挥使，李袭誉为雍州指挥使。另外索延寿率领本部五千骑兵调到上县整编，韦圆照为陇中屯田司马，扩充到两万屯田军；张大将军暂时在元帅府坐镇，担任长安留守。”
长安留守看上去是一个虚职，但是杨崇对长安用兵在即，预先设置留守司这个部门，便于招揽人才和日后运转。房彦藻介绍了杨崇的设想，先建立六部，安排了兵部侍郎元无竭、礼部侍郎崔处直、刑部侍郎高君雅、国子监祭酒王通四人协助张瑾。
元无竭现在还是以兵部侍郎的身份负责军务，补充道“越国公准备在夏州编制姜夺、尧君素两卫，在天水编制史大千、谢映登两卫，在石州编制梁德、韩世谔两卫，在凉州的单雄信编制一位，每卫两万三千人到两万六千人。”
张瑾等人明白，这是大战的前兆，薛举已灭，河西军和唐军已经是全面接触，大战随时可能爆发。只有通过这样的编练，杨崇才能聚集起一支十万人以上的大军，进攻长安。杨汪也是弘农杨氏出身，与杨崇算是族人，晓得杨崇下面要说的都是河西军的机密，笑着说道“越国公，老朽公事已了，就不打扰了。”
杨崇拦道“杨大人，我们都是自己人，不需要回避。我占领的地盘虽大，但是论军队，在大隋难以排进前五位，就是薛举占据两三个郡，兵力都不在我之下，所以一打仗，我的兵力就有些吃紧。”
杨汪做过郡守，与李密打过仗，一路而来对杨崇的军队不断观察，闻言笑道“那是越国公不愿意扩军，走的是精兵路线。就是瓦岗军，号称三十万，但是真正能征惯战的不过三四万人，要不然郑国公早就在洛阳败了；我看了诸葛全和韦圆照、史大千的联名公函，五万降军，编入军队的不过三分之一，剩下的全部屯田，在其他队伍中是不可想象的。”
其他军队只恨