方原回了中军营，令赤古台、麻林二人将受伤的军士安置在中军营，该养伤的养伤，该休整的休整。还有五、六万的生力军，则保持必要的警戒。全军暂时放弃攻打仙霞岭，等山岭的大火熄灭再说。
过了五日，施琅海战那方的捷报传来。
九月二十五日，在方原出兵之前，施琅已先率五十艘战舰的火炮编队，还有一百艘各型战舰，从舟山群岛出发南下。
十月五日，攻打福宁州沿海的福宁卫，一日破城，进福宁卫劫掠物资。五日内攻破沿海的大金、定海两个千户所，斩杀郑军军士两千人，劫掠物资不计其数。
十月十五日，施琅的火炮母舰编队抵达福州府海疆，终于遭遇大将林习山所率郑军水师三百艘，连同尼德兰人快舰五十艘。
因风向是东南风，有利于郑、尼德兰联军，施琅放弃了在福州府决战的想法，也顺着风向一路北上，退回福宁州的福宁卫。郑家、尼德兰联军衔尾追击，双方略有小规模的交锋，却无正面会战。
五日之后，风向从东南变成正北，战机终于出现了，施琅开始转守为攻。郑、尼德兰的联军也转攻为守，开始逐步南撤。
十日之后，施琅追击联军舰队到了福州府，尼德兰人的舰队南下避战，驶往泉州府的泉州港等待战机。
但林习山的郑家水师若再往南退却，福建的治所福州府沿海诸卫就是施琅水师肆意凌虐的对象。在郑芝凤严令之下，林习山退无可退，只能选择在福州府迎战施琅的舰队。
双方第一次大海战在福州府的海疆爆发。
郑家舰队主将林习山不如施琅骁勇善战，舰队吨位不如，舰队的火炮火力不如，连风向都是不利，这一战的胜负毫无悬念。
双方激战了一日一夜，林习山的水师舰队在损失了两百艘战舰后，彻底崩盘，余下的一百艘战舰仓皇逃亡更南方的厦门岛，与郑家水师老巢漳州的镇海卫，南北相望。
施琅第一场海战大胜，俘获郑军战舰三十艘，水手两千人，便改编了这些俘虏的战舰、水手，继续攻打福州府。
十一月三日，施琅花了十日的时间，攻破福州府沿海福州左卫、中卫、右卫三卫的军港，劫掠了军港物资。因各个军卫郑军驻守的军队两万，强攻必然损失惨重，施琅没有选择登岸，而是继续南下福州府以南的兴化府。
十一月十九日，施琅攻破兴化卫，斩杀卫所郑军两千人，将兴化卫所有物资洗劫一空。因郑军主力要么在仙霞岭，二十八都军镇抵御方原；要么在福州府、福宁州狙击玄甲军登陆；要么驻守在福州城，南方的小府兴化府防守十分薄弱。
施琅令火炮母舰编队屯驻在兴化府休养生息了半个月，用劫掠来的各类物资向当地百姓换肉食、蔬菜。在补充了充足的淡水，肉食、蔬菜之后，施琅再次率军南下福建第一商港-泉州港。
泉州港自古以来就是海上贸易的枢纽，郑家、西洋、南洋的商人都聚集在泉州港做买卖，港口常年停泊着数以百计的商船。泉州港的富庶，在整个福建都是首屈一指，若泉州港一旦有失，必然震动整个东南海疆的海洋贸易，尼德兰人在泉州港有二十个商会，三百艘商船，货物至少价值三百万两银子。
无论郑家，还是尼德兰人，泉州港都是必保的港口。
十二月十日，施琅的舰队抵达泉州港海疆，郑家的海军主帅郑芝凤再次聚集了三百艘战舰，还有尼德兰人普特斯曼总督的五十艘战舰，准备在泉州港与玄甲军水师一决雌雄！
双方第二场大海战，在泉州港海域爆发。
这一次因有尼德兰人的快船加入战斗，这种快船航速极快，火炮威力巨大，给施琅的水师造成了不小的麻烦。
施琅迫于无奈，只能采用一种消耗性的打法，就是一次性四十门火炮齐射，以火炮数量来压制尼德兰人快船的航速。航速再快，能躲得过一炮，却躲不过四十门火炮齐射。
一轮齐射，尼德兰人的快船至少中六、七炮，直接就被打沉。而尼德兰人的火炮还击，砸在火炮母舰的钛合金钢材上，勉强能砸出一个窝，却如同瘙痒，甚至连船身都不会颤抖一下。
在高科技，高火力的绝对碾压之下，无论尼德兰人怎么灵活运用海战战术，火炮射术，也是徒劳无功。
尼德兰人只能放弃炮轰火炮母舰的想法，转而去攻击外围那些没有铁甲护卫的战舰。施琅却不会再给尼德兰人机会，只死死的咬着尼德兰人的战舰炮轰。
郑芝凤也随之改变了策略，也放弃了攻打火炮母舰的想法，转而去攻打那些中小型的战舰。
双方在海疆大战了一日一夜。
施琅的舰队被尼德兰人击沉了中型福船三十五艘，一艘巨舰也中了数十炮，摇摇欲坠，几近沉没。
而尼德兰人的损失也不少，出战的五十艘战舰，被击沉了三十八艘战舰。尼德兰人的海军主将普特斯曼当机立断的选择逃离战场，连福建沿海也不敢再停留，直接逃往了台湾岛。
尼德兰人一逃，郑家的水师独立难