清政府的低效，给了周琅充足的时间，整个十月，十一月，周琅竟然都没等来清军的大规模进攻。
在浙江、江西和广东的清军，只是地方部队进行了小范围的调动，战斗力和兵力都不足以攻入福建。
周琅的軍队，则向北推进到了跟浙江交界的分水关，占领这个浙江进入福建的官道必经之地，基本上就掐断了大规模清军从浙江反攻福建的通道。
沿着闽江、建江推进道了福建西北的武夷山茶区崇安、南浦等县，切断浙江西南和江西东北进入福建的通道；沿着闽江、金溪进入了建宁、泰宁等县，切断江西中部进入福建的通道。以此建立起依托武夷山脉的第一道防线；沿着晋江抵达云山、沿着九龙江抵达玳瑁山，建立第二道防线。
至于汀江上游的汀州地区，由于无法通过入海河口上溯控制整条流域，暂时予以放弃，但在跟潮汕地区接壤的云霄一带，建立了防御基地。一旦广东地方軍队发动攻击，视情况出击，夺占潮汕地区，取得汀江（韩江）入海口，上溯汀州，控制整个福建境内。如果广东軍队观望，周琅不介意跟他们保持和平相处的默契。
两个多月时间，周琅建立了内外两条防线，控制了十几座关卡，布置了五百多门大炮。
同时沿着河流，建立通往这些关卡的交通线。
外部防御体系基本建成，但福建内部依然是一片混乱，周琅只能控制交通线和交通线附近州县，大半福建州县还在清军手里控制着，更不用说广大的乡村地区，根本就没有任何控制力，这是巨大的隐患，可他就是没有多余的兵力去加强控制。
不过盟友陈周全的北伐，在周琅的帮助下，也终于开始了。
陈周全已经今非昔比，在夺取了台湾府城，镇压了嘉义等县的地主武装反抗之后，陈周全在嘉义县、台湾县进行了大规模的清洗活动，旧地主阶层几乎被他给彻底消灭了，但一个新的地主阶层又出现了，因为陈周全打击地主，主要是出于报复心理，他痛恨这些地主武装站在清军一边跟他做对，所以他杀了地主之后，并没有把地主的土地分给佃农，他的认识还没有到这种高度，他将这些土地分给了跟随他的有功之臣，陈光辉这样的亲信，一个个都分到了上万亩甚至数万亩的良田。
另外陈周全还镇压了漳州和粤籍两大反对他的族群，将反对他的力量，从乡村基层进行了一场清洗。虽然杀人很多，可是永绝了后患。让他在将清军赶出台湾之后，对社会基层的控制力大大加强，结果当清军第二次反攻台湾的时候，就没有像之前那样，得到大量地主武装的配合。
但清洗规模太大，也造成了社会秩序的混乱，让台湾中部富庶地区流失了大量的人口，大多数都逃到了凤山县，可这种混乱，不但没有削弱陈周全，反而加强了他的力量，因为秩序的失衡，导致流民增多，让他扩张兵力变得容易。
陈周全之所以能将长麟主持的清军反攻击退，就是因为他手里已经掌握了一只数量庞大的軍队。而且这只軍队已经不再是乌合之众，而是建立起了较为严密的组织，进行了一定程度的训练。
陈周全是一个聪明人，他以经商为生，能往返两岸，在福建和台湾都组织起天地会的力量，个人组织能力还是很强的，商人的经历又让他相比同时代的人堪称见多识广，所以一些军事基本常识他还是懂的。
通过血的经验，他的軍队获得了经验，也学会了战斗。大浪淘沙，从死人堆里爬出了一批精锐老兵。而且陈周全招募了为数不少的清军俘虏，这些清军职业军官帮助他完善了軍队建制，让陈周全的軍队，不但拥有战斗经验丰富的老兵组成的精锐，也有了具备基本组织能力的二线部队。
陈周全麾下的兵力数量，总计高达三十万人，其中十万是有经验的老兵，二十万是招募的新兵，如此雄厚的实力，让他的北伐并不是痴人说梦。
至于陈周全为什么选择浙江进行北伐，主要是因为周琅占据了福建沿海要地，甚至陈周全的老家同安都被周琅控制，陈周全无心此时跟周琅火并，因为他手里没有水师，根本无法跟周琅争夺，反而不如利用周琅手里的水师帮助，让他可以进入大陆，进行北伐，顶多就是像他当年起兵时候承诺的，双方先各凭本事攻城略地，等击败了满清之后，再各凭本事，逐鹿天下。
而且正是因为周琅轻松占领了福建，逼的陈周全果断选择跟周琅合作，北伐浙江。因为陈周全看到了清军的软弱，如果他不去浙江，让周琅在福建站稳了脚跟后，周琅的实力，可就完全压制住陈周全了，因此陈周全才选择抢在周琅之前，进兵浙江。
攻占澎湖之后，周琅的舰队在闽浙海域已经没有了对手，全面出动帮助陈周全北伐。
先是在温州湾帮助陈周全建立了一个立足点，然后帮助陈周全的部队登陆，之后全部交给陈周全了。
陈周全很快就沿着瓯江攻占了温州作为前进基地，然后继续沿江西进，沿海南下，到十二月，就已经往西攻打到瓯江上游的丽水，往南打到了灵溪，跟周琅的軍队在分水关汇合。