安排了这么多人，这么多事，而且每一件都是要花费大量的银子，怎么将每一分银子都用刀口上，这就关系财务和审计。朱由校第一个想到的就是建立完善的财务制度。
到明朝中叶，单式记账法开始向复式记账法过渡，但明朝官府依然采用的是单式记账法，但也吸纳了很多民间一些较好的做法，民间开始出现一种叫做“三脚帐”简单的复试记账法。
朱由校上辈子就没学过会计，但他的父亲是一个有几十年经验的老会计，而且他还知道一点，现代社会使用最广的借贷复式记账法这个时候已经出现，并且记载在意大利数学家卢卡?帕乔利的《算术、几何、比与比例概要》一书中，正因为如此，卢卡?帕乔利被称为“近代会计之父”。
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