数百条彩色细线瞬间从房间各个角落汇聚到会议桌上方，将潜龙基地的整体结构完整地描绘了出来。这是一座由中心区、军事区、实验区、加工区，仓储区五个功能分区组成的大型地下建筑群，总面积超过10平方公里，几乎相当于一座中等规模的战前城镇。
四条采用特殊设计的半柔性防震抗爆通道将五个功能分区连接成为一个整体，以位于建筑群中央的中心区为中点，五个功能分区在地底深处组成了一个大写的英文字母“X”。由于具体地质条件影响，各个功能分区的面积和埋藏深度都不尽相同，建筑面积最大的中心区达到三平方公里，而另外四个功能分区的面积大都在两平方公里左右。五个功能分区都拥有通往地面的出入通道，但只有中心区，军事区和仓储区的通道能容许大型机械车辆通行。这些大型通道的出入口大多隐藏在临近道路的偏僻山谷里，可以方便地输出或者接受物资。
包括中心区在内的五个功能分区功能虽然各有侧重，但都同样拥有独立的核聚变反应堆和中央计算机控制设备，即便各个分区之间的能源和通信网络遭遇外界袭击被切断，各个功能分区也能够脱离其他分区独立运作。这种分体式设计方案不仅使基地各个区域的功能划分更加清晰合理，也极大地增强了基地的整体抗攻击能力和生存能力。
潜龙基地主体建筑的平均深度超过60米。尽管这个数字表面上很不够看，同美洲联盟、欧洲联盟的一些大型地下军事基地存在不小的差距，但这只是基地主体建筑到地面之间的距离而已。凭借基地较高的防御等级，外加上方数百米厚坚实山岩的屏蔽防护效应，普通的战术核武器几乎不可能伤害到深藏于地下的基地主体结构。即便遭受到到战略级钻地核武器的攻击，只要钻地弹头没有直接命中全部主体建筑，也不至于造成整座基地完全毁灭。
虽然潜龙基地拥有十分先进的通信侦测系统，但由于受到保密因素限制无法安装大型雷达侦测设备，外加基地周围山岭的屏蔽，侦测范围其实相当有限。针对这项缺陷，设计者为潜龙基地配备了浮空气球和无人侦察机等侦测设备作为补充。通过对这些中高空侦测设备的运用，潜龙基地能够对周围数百平方公里范围的情况进行实时监控，足以保证自身的安全。
作为潜龙基地控制中枢的中心区位于整片地下建筑群中央位置，平均深度67米。这个区域是基地驻守人员的主要活动区域，拥有十分完善的生活设施，可供2500人在此长期居住、工作和生活。中心区拥有十余台有机食品制造设备和同数座与地下暗河直接连接的净水装置，完全能够满足基地人员日常生活的需要。除了供基地人员使用的控制中心、通讯中心、医疗中心、生活中心、仓储中心、训练中心、会议中心等众多设施外，重要的人工冬眠设备也设置在这个区域。
位于中心区东北侧的是仓储区，平均深度55米，主要用于存储各类非军事用途的物资和材料。储存在这里的所有物资事先都经过了防腐、防蛀、防锈处理，再加上仓库里恒温、干燥、高氮的保存环境，因此能够长期保存。仓储区储存的物资和资材数量极其巨大，总重量超过十二万吨，仅氘棒的储量就超过三吨。这些物资足够维持3000人在基地内生活25年。如果对人均物资消耗量加以限制，再加上废弃物循环回收设备的产出，维持运转30年也没有太大问题。
军事区位于中心区西北侧，平均深度58米。这个区域主要用于存放、维修各类现役战斗车辆和武器装备。这个区域的综合维修站拥有多台大、中型维修设备，无论从设备数量还是质量上看，都达到了集团军级维修所的水准，完全能够满足包括坦克等重型装备在内各种现役作战装备的维修需求。此外，只要拥有足够的熟练工人和充足的原料供应，这里的几处武器车间也能够小批量生产火箭筒、通用机枪、突击步枪之类的传统单兵武器以及相应弹药。自然，像坦克、步兵战车这样的重型装备，这里肯定是没能力生产的。
军事区高大宽敞的库房中存放有足够装备一个机械化步兵团的武器装备，仅各式装甲、轮式作战车辆的数量就超过了300。这其中履带式车辆的数量相对较少，只有不足100辆，余下的都是轮式车辆，这也和战前比较侧重作战效能、维护成本、装载运输等要素有关。所有这些作战车辆都处于整体封存状态，一些重要的零部件也都进行了防锈延寿处理，轮胎之类的易损耗件则全部真空密封保存，只需简单的组装和测试便可以使用。
单兵装备方面，军事区储存着3000余套以标准作战护甲为基础，集成了全套作战装具和个人战术通讯设备的高级单兵装备。在战前，只有最精锐的部队才有资格配发这种单兵装备。军事区武器库里储存有3000余支突击步枪、500余支狙击步枪/精确射击步枪、1000余把手枪、200余挺通用机枪，200余件迫击炮、重机枪、火箭筒等重火力装备，外加数量达到8位数的弹药储备量，已经足够支持一场中等规模低烈度战争了。
除这些常规武器装备外，军事区还储备有大量高科技武器。单是动