“在作出对日本实施核打击的决定后，几乎没有什么人觉得在道义上感到内疚，他们也没有向管长官有所表示，管长官也认为没有人有这种想法。他已准备扔两颗、三颗——甚至更多，如果它意味着拯救中国人的生命的话。也许，以现在看来，当时日本已经准备投降，但是如果没有对其实施核打击，战争仍会无限期的拖延，数以百万计的中国、英美以及日本军人会死于战场，数以百万计的日本平民会死于常规轰炸之下，因此，在我看来，对日本核打击，在一定程度上来说，不仅仅只是起到督促日本投降的作用，更重要的是——它挽救了日本民族，以少数量的牺牲避免了更多人的牺牲，对日核打击应该被视为一次人道且仁慈的一次行动！因为它拯救了数百万日本军人、平民的生命。”
前陆军参谋总长杨杰《我的战争回忆录》
在山东荣成航空基地，关于第二次袭击的命令共印了三十二份。此后，如何使用和何时使用原子弹已由参谋部参谋官联席会议决定。起飞时间定在12月26日，也就是圣诞节的第二天，袭击时间依然被选择在清晨，袭击目标有两个，而两个都在九州岛上：第一目标是“小仓兵工厂及城市”，第二目标是“长崎市区”。
在青岛航空基地，军事情报局印刷厂印了一千六百万份劝告日本投降的传单。最初时的宣传是毫无效果的——日本人的愚忠使得传单似乎对他们没有任何作用，但是随着轰炸强度的加大，军事情报局的那些曾留学日本的“日本通”所设计的传单在日本国民中产生了巨大影响。特别是眼下要用的这份传单，将对日本民众的士气更是产生不可磨灭的影响。
“告日本人民书：中国要求你们立刻注意我们在这份传单上所说的话。”
传单一开头，就开门见山的要求日本注意这一切，完全没有任何客气，实际上这是因为熟知日本民族的性格，他们习惯于服从、追随强者，而现在散发的这些传单完全没有了东方式的温文尔雅，有的只是上者对卑者的命令。
“我们已掌握人类从未有过的破坏力最大的爆炸物。一颗我们新近发明的原子弹的爆炸力实际上等于两千架我们的巨型h6轰炸机执行一次任务时所能携带的爆炸力。这个可怕的事实是值得你们思考的。我们庄严地向你们保证，我们的投弹是极其准确的。”
威胁，赤裸裸的威胁，不见过去的游说，不见了过去将战争维系到“军阀”的身上，而是直接告诉他们，如果拒绝的话，他们会遭遇什么。
“我们在你们的本土使用这种炸弹还刚刚开始。如果你们还有什么怀疑，请你们了解一下，广岛挨了只不过一颗原子弹后的情况。在利用这种炸弹摧毁军方拖延这场毫无用处的战争的一切资源之前，我们要求你们现在就向天皇请愿，结束战争。我们已为你们概述了体面的投降的十三条结果。我们敦促你们赶快接受这十三条，开始为建设一个更好的爱好和平的新日本而努力。”
或许，在整张传单之中，只有这么一句还算温文尔雅的话语。
“你们现在就要采取步骤，停止军事抵抗。否则，我们将坚决使用这种炸弹以及其它一切优越武器，立刻强行结束战争。”
在传单的最后，又向日本民座加以警告，
“现在就从你们的城市中疏散开！”
这无疑是在告诉他们，原子轰炸将会继续，即使在传单散发以前，日本报纸就已经开始提出警告，说在广岛已经使用“新式炸弹”，“切不可等闲视之”。《日本时报》说，敌人好象“为了急于尽快结束战争而一意要尽可能杀伤无辜生灵”。有一篇题为《对人类道义上的暴行》的社论透露，这种新式炸弹具有“空前未有的威力。它不但已把一个城市的大部分摧毁，而且还使特别多的市民非死即伤”。
12月27日下午，曾经驾驶载运仪器的飞机“中国动力号”飞往广岛的李明威少校接到通知，要他驾驶另一架飞机去投第二颗原子弹。与投在广岛的炸弹不同，这是一颗球形的钚弹，不过同样采用内爆式，而不是枪式设计，通过大量的计算证明，枪式设计或许节约重量，但是其对核装量的利用极为有限。
而另一架一同参加对广岛核打击的“雨花台”号则非正式地准备去执行一项计划外的双重任务：三名科学家——叶企孙、周培源、严济慈——把他们共同签署的呼吁书捆在罐筒上，用降落伞在目标上空落下收集数据。每个信封都写上嵯城根辽吉教授收。这位教授是日本的核科学家，他们之间并不陌生，因为在三十年代时，其曾对中国进行过学术访问。
致嵯城根教授寄自：以前阁下在中国访问期间的三名科学界同僚。
“我们以个人名义发出这封信的目的，是为了敦促阁下运用作为有声望的物理学家的影响，使日本大本营相信，如果你们继续进行这场战争，你们的人民将遭受的可怕后果。……若干年来，你已经知道，如果一个国家愿意付出昂贵的代价去准备必要的材料的话，原子弹是可以造成的。现在既然你看到了我们建立起生产它的工厂，你心中必然毫无疑问，昼夜开工的工