爆发于山东
由于德国在山东的侵略行径，使得山东人民对外国侵略者极为反感。早在1897年就发生了巨野教案，山东巡抚李秉衡因此被贬职。在此之后，山东的民教矛盾有增无减。1897年，山东冠县梨园屯村民与教堂因历史上的土地纠纷引起冲突。威县梅花拳师赵三多应村民阎书勤等的邀请，前往援助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。1898年6月，山东巡抚张汝梅上奏朝廷，认为义和拳本属乡团，建议“改拳勇为民团”。并明确说义和拳就是“义和团”，在清朝官员中首次提出了“义和团”的概念。同年10月赵三多等人在冠县蒋家庄竖起“扶清灭洋”的旗帜“起义”，遭清军镇压而失败。次年（1899年），山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋”旗帜。10月11日，蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义”。后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反洋教斗争比较同情。他罢免了蒋楷、袁世敦等，对义和拳采取剿抚兼施，以抚为主的措施，有说法指出正是毓贤改拳为团，还向朝廷上奏将民教矛盾的责任归结于教会一方。其态度遭到外国敌视，在列强交涉下毓贤被革去职务。但毓贤对义和拳也进行了镇压，在其离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团首领杀害。1899年12月，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
转入直隶
1899年，袁世凯在济南就任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始血腥镇压复起的义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始向直隶等地转移。清政府严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压。1900年5月12日，涞水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷”。这次戕官事件使清廷大为震惊。随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛”的局面。
列强介入
义和团的迅猛发展，使列强大为恐慌，他们纷纷要求清政府采取措施消灭义和团。在外国压力下，实际掌握政局的慈禧太后多次发布严禁义和团的上谕并组织军队进行围剿。但由于多种原因，一时难以扑灭义和团。在北京北堂（西什库教堂，当时是中国天主教的总堂）主教樊国梁的建议下，列强遂于5月28日提出派出“使馆卫队”进入北京，清政府先是拒绝，后被迫于31日同意，但提出“每馆以二三十人为率”，结果列强先后派出400多人进京，大大超出了清政府的限制。后来列强又派遣西摩尔带领2000人前往北京，这些行为对清政府形成了严重威胁。对此，清政府一面继续发布镇压义和团的命令以消除列强派兵的理由，一面又调集军队进入北京以防不测。对外国人抱有敌意的董福祥所率领的武卫后军（甘军）即在6月9日被调入北京驻守，6月11日，日本书记官杉山彬前去迎接入京的西摩尔联军，在永定门外被甘军所杀。事后，大臣荣禄亲赴日本使馆道歉。
列强向北京强行进军和义和团抵御外国军队，使清廷对义和团的态度开始出现转变。面对列强咄咄逼人的态势，清廷内部主和与主战，主剿与主抚的分歧更加严重。清政府于6月5日派赵舒翘和何乃莹，6月6日派刚毅去涿州“劝散”义和团，实为考察情况。结果刚毅的态度是“力言拳民可恃”，赵舒翘等也赞成采取招抚的措施。再加之载漪等官僚的鼓动，清政府逐渐开始承认义和团为合法组织，这种态度直接导致6月初义和团大量进入北京。从6月10日起，在清朝官员的默许下，义和团开始大量进入北京。在初期，义和团与北京的外国人关系紧张，但并未发生大规模流血事件。6月12日“今晨探报，东华门外教堂起火，不少教民牵而北去。是为义和团入京第一次肇祸也”。（《庚子大事记》）。有论者认为这起事件很可能与克林德擅自拘捕路过使馆区的义和团员有关，北京的局势迅速恶化。
在使馆卫队入京后，以德国公使克林德为首的部分外国外交人员一味使用武力解决问题。6月14日，克林德带领水手一排行于内城之上，发现有沙地有义和团练习，即毫不迟疑发令开枪，当场打死二十余人（《庚子使馆被围记》）。此后使馆卫队开展了“猎取拳民行动”，多次主动攻击义和团员，这种行为反而使得局面更加失控，愤怒的义和团在北京到处焚烧教堂和攻杀教民，并殃及今前门大街外的大栅栏地区，“京师富商所集也，数百年精华尽矣”。主和派官员袁昶指责克