吕端大事不糊涂，东南半壁，五年之间，太保幸在;
诸葛一生唯谨慎，咸同两朝，众贤之后，新宁有光
光绪五年(1879)，刘坤一奉命调任两江总督离粤归家省亲，与两粤绅奢留别作诗云:“二十年前穷措大，三千里外远游人。”①这个二十多年前的穷酸秀才，青云直上跻身封疆大吏，尤其是他显赫的晚年仕途生涯，直接影响晚清政局:清廷的朝政大计、帝后两党的暗斗明争、皇位的建储废立，都与他有着直接的关系。其后还俨然而为诸侯长，领袖东南督抚，倡导互保，倡举新政，议采西法，引起了其后的官制改革和立宪风潮。盖棺之时，东南名绅张春赠联挽之:“吕端大事不糊涂，东南半壁，五年之间，太保幸在;诸葛一生唯谨慎，咸同两朝，众贤之后，新宁有光’，可见对其推崇备至。
光绪十六年(1889)十月，清廷颁布谕旨，“两江总督著刘坤一补授”。次年，又命其帮办海军。此时湘军的头面人物多已物故，能使湘淮两系保持平衡，与李鸿章分庭抗礼者，就仅有刘坤一。因此，刘的声势与名望与前两次任江督时相比迥异，清廷也不得不对其刮目相看，成为帝后两党竞相拉拢和依靠的对象。此时光绪开始亲政，颇想有所作为，在宫廷内部出现了实际当权的太后与名义执政的皇帝之间的矛盾。太后倾向因循保守，皇帝倾向变革开明。以荣禄、李鸿章、刚毅、孙毓坟、徐用仪等人为主的中央和地方大臣组成后党，控制着军政大权;帝党主要是孙家鼎、志锐、文廷式、汪鸣蜜、长麟、张容等官僚士绅，奉光绪皇帝师傅翁同和为首领，从此出现了纠缠于清代末叶的“帝后党争”。帝后党争的核心是争夺政权，也反映了两派不同的政治主张，又集中在对待日益严重的民族危机的态度上。中日甲午战争爆发，慈禧太后为了过好六十寿辰，李鸿章为保存淮系和北洋海军的实力，都主张妥协，寄希望于列强的干涉，以致初期战争十分被动。帝党不赞成对日妥协，主张抵抗，光绪皇帝甚至还不惜触犯慈禧的肝火，停止用海军经费修建颐和园，针对李鸿章迎合慈禧的避战心理，对他进行了训斥，命令他督察淮军将士，“有无畏葱纵敌情事，不得片词粉饰。’，并准备起用刘坤一来取代李鸿章。
随着战事的节节失败，帝党策划的“倒李风潮”就日趋激烈。在处理战事的态度上，刘坤一也十分不满后党的妥协，他指责李鸿章怕开兵端，过于持重，畏战误机以致处处落着。认为“此次中楼之衅，合肥始终不能辞咎”。同时致信军机大臣李鸿藻，坚决呼吁抵抗。他说:“侨国小民贫，势难持久，伏望主持至计，以坚忍胜之。利钝兵家之常，断不可因此速与议款。”他积极筹备南洋与台湾的战守，还从大局出发，派出了五千湘军迅速北上以作支援。但他深恐湘军今非昔比，“于北地甚不相宜”，东征难免不蹈刘长佑当年在直隶被捻军大败的覆辙。更恐继李鸿章统军，“临敌而易统帅，军心解体尤非所宜’，所以刘对帝党的“倒李风潮”颇不赞同。在朝廷内外愤怒舆论的攻击下，李鸿章被“拔去三眼花翎、被去黄马褂”，但刘坤一还是说，“然此时若攻击去之，谁堪接手?大局更不可支，彭旨曲加勉慰，责以收效桑榆，自是妙用。”其后在翁同和等的极力推荐下，清廷颁布上谕，刘坤一被任命为钦差大臣，赴前线指挥。刘还是以年老力衰，不熟悉东北地理情形，各军统将多不相习为由固辞，建议让他在督办军务处理军务，或统带一、二十营湘军稗当一路之师。他仍希望李鸿章能挑起抗战全任，但李却毫无战意，不仅命令北洋舰队停泊威海军港，不准出洋迎敌，而且他本人在受了处分之后，就丢下战局不管，告假回家去了。在这种情况下刘坤一受任于败军之际，奉命于危难之间，勉任其难，接受了钦差大任，不顾衰体病躯，及赴山海关前线视师。但清政府本无心抗战，且不论后党的投降妥协之声甚嚣尘上，就连主战的帝党集团也只是抱着“另简重臣，以战求和”的方针。在派刘坤一为钦差大臣的同时，就已派人赴日求和，他们只不过是企望刘坤一侥幸出师获捷，效中法战争故事，得以体面求和罢了。此时日军欲速战取胜，迫使清政府投降，加紧了对我辽东、辽南地区的疯狂进攻，并寻求与北洋海军决战。由于吴大微等将领求胜心切，轻敌蛮干，关外战事连连遭受挫折，匿于威海的舰队则由于执行李鸿章的避战方针而导致全军覆没，战事的挫折又进一步加快了投降派的求和步伐。刘出关不到三个月，他刚刚布置完山海关内外的战守，正在整顿布置关外各路防军，以冀蹈隙攻举之际，《马关条约》签订的消息就传到了前线。刘坤一愤慨不已，召集诸将面商，皆欲一决死战。他迅速致电督办军务处，极力反对割地赔款，坚决要求废约，并提出了“持久”、“苦战”的建议。他认为日本表面上气势汹汹不可一世，实际上已是外强中干。几个月的战争，敌国人力、物力、财力都几乎消耗殆尽，现在敌我劳逸之形已显，我若坚持再战三战，敌力尽势穷又何能久留。但刘的建议未能被清廷接受，最后仍以屈辱签约告终。帝党集团虽认为屈辱太甚，但也无可奈何，只好坐视那拉氏和李鸿章放手求和。刘坤一感叹