没有闲着，他自己在努力写书宣传他对农政和历法等方面的心得时，还请了很多跟他关系不错的人进博学院研讨军工、数理等问题，其中还有几个外国人。天启知道这些外国人的目的是传教，为了博得朝廷官员和士绅的喜欢也把西方的一些知识拿了些出来吸引人们来关注，天启没有说穿只是允许他们在有限范围内传教，而且不得强行要求和不断骚扰民众，只鼓励他们对民众进行数理、历法、航海、地理等新知识的传播。博学院虽然没有像圣学院那样吸引到众多人的关注，但天启相信他们有厚积薄发的那一天。
博学院和圣学院一个是为了发现新知识，另一个是为了合理运用新旧知识，可以说这两个机构是大明的希望所在。为了避免自己离开后这两个机构瘫痪甚至解体，天启一再下旨不允许任何人对这两大机构进行言论上的攻击，有不同意见可以在圣学院中辩论，说得对就按你说的办，但如果有不愿意把话摆在明面上说反而私下造谣中伤圣学院和博学院的人，天启命令一律按妖言惑众罪名严惩。
现在既然要离开了，天启决定把对圣学院和博学院的关照定下来，在这几天里他抽空去这两个地方转了转，并赐墨让孙承宗和信王亲笔给两个机构题词，政务院总理王大臣和军务院首席军机大学士都在这题词，今后就算有人想动这里也得掂量一下自己的份量。而且天启还宣布说从现在起在圣学院和博学院两大机构里，无论是谁对任何人都不再行跪拜之礼，以示他对知识的尊重，并要求把这道旨意用石碑刻下来放在门口醒目处。
如此忙碌了几天，转眼四月初八就要到了。初七晚上，天启把皇后叫到那间存放箱子的房间里说话，并让其他所有人退出房间不得偷听。见天启神色慎重皇后问道：“皇上晚上把臣妾叫到这里来有何事？”
天启说：“皇后看一看这间屋子，有没有什么新发现？”
皇后左右看了看问：“没发现什么东西，是不是皇上准备要把这里拆了重新盖？”
天启惊讶地问：“皇后怎么这么说？这好好的怎么要重新盖呢？”
皇后说：“臣妾也是前两天听人说的，说乾清宫有很多屋子都老旧了，而且前几天晚上在这附近睡觉的人都昏昏沉沉的，总做梦说有什么东西在梦中不停呼唤，臣妾想这房子虽然还算结实但日子久了会不会有不干净的东西？干脆叫人翻新一下，魏忠贤前两天刚刚送来十多万两银子，拿来翻新一下应该没有问题。”
天启点头说：“看来这两月魏忠贤过得挺滋润。”