只有少数哨官是穿好了衣服、拿上枪准备反抗。可是在强大的攻势之下，从哨官到队官的反击转眼间都土崩瓦解了。
就在第三营突袭旧军兵营的同时，吴绍霆指挥着第一营业已展开了行动。他命令梁鸿楷和孙继直各自带领本队人马，直接向陆军衙门发动进攻，自己则与李济深等人前往炮兵营了。
陆军衙门的卫兵仅仅只有一百多人，再加上其中有一部分已经反正，当新军士兵将衙门大院团团包围起来时，基本上大势已定。梁鸿楷以前在衙门里面当值，所以对衙门的布局十分清楚，他指挥着麾下兵士很快就占领了几个卫兵室，那些还蒙在鼓里的卫兵顿时都放弃了。
孙继直主要负责抓捕陆军衙门的官员，在晚清这个冗旧的官僚体制下，陆军衙门的官员甚至比卫兵还多，大部分都是官府养的闲人。这些闲人面对着突如其来的兵变，完全没有任何反应的能力，一个个束手就擒了。对于孙继直来说，他任务唯一的难度就是要到处翻找这些官员，有的人躲桌子下面，有的人躲在茅房里面，简直就是在躲猫猫。
从陆军衙门里面传出来的枪声，基本上都是新军士兵朝着天空鸣放的示警枪声。陆军衙门从官员到卫兵，他们要么开枪没打中，要么连枪都还没拿起来。
孙继直很快冲到了将军办公室，这个时候孚琦自然不在里面，但是孚琦的秘书官王长龄就住在西郊，平日办公室的公务就是王长龄在负责打理。